1949-ben Kluckhohn öt szomszédos délnyugat-közösség között kezdett dolgozni: Zuni, Navajo, Mormon (LDS), spanyol-amerikai (mexikói-amerikai) és Texas Homesteaders kulcsfontosságú módszertani megközelítés, amelyet feleségével, Florence Rockwood Kluckhohnnal és kollégáival, Evon Z. Vogttal és Ethel M. Alberttel közösen fejlesztett ki, többek között az értékorientáció elmélete volt. Úgy vélték, hogy a kultúrák közötti megértést és kommunikációt megkönnyítheti egy adott kultúra orientációjának elemzése az emberi élet öt kulcsfontosságú aspektusára: Az emberi természet (az embereket eredendően jónak, rossznak vagy vegyesnek tekintik); az ember-természet kapcsolat (az a nézet, hogy az embereknek a természetnek kell alárendelniük, a természet felett uralkodniuk kell, vagy harmóniában kell élniük a természettel); idő (elsődleges érték a múltra/hagyományra, a jelenre/élvezetre vagy a jövőre/utódokra/késleltetett kielégülésre); tevékenység (lét, válás/belső fejlődés, vagy cselekvés/törekvés/szorgalom); és társadalmi kapcsolatok (hierarchikus, járulékos/kollektív-egalitárius vagy individualista). Az Értékorientációs módszert Florence Kluckhohn és kollégái és diákjai fejlesztették ki a későbbi években.
Kluckhohn karrierje során számos kitüntetésben részesült. 1947-ben az Amerikai Antropológiai Társaság elnöke volt, és a Harvard orosz Kutatóközpontjának első igazgatója lett. Ugyanebben az évben könyve tükör az ember számára elnyerte a McGraw Hill-díjat a tudomány legjobb népszerű írásáért.
Kluckhohn kezdetben hitt a fajok biológiai egyenlőségében, de később megváltoztatta álláspontját. Kluckhohn 1959-ben azt írta, hogy “a különböző népek között a leképezett gének jelentősen változó előfordulására vonatkozó információk összegyűjtése fényében nem tűnik bölcsnek feltételezni, hogy “az ember veleszületett képessége nem változik populációonként”…. Azon a feltevésen, hogy a specifikus kapacitásokat az egyes génállomány tulajdonságai befolyásolják, nagyon valószínűnek tűnik, hogy a populációk mennyiségi szempontból különböznek az egyes eredménytípusok lehetőségeiben.”
Clyde Kluckhohn szívrohamban halt meg egy kabinban a Pecos folyó felső részén, Santa Fe közelében, Új-Mexikóban. Felesége, Dr. Florence Rockwood Kluckhohn élte túl, aki antropológiát is tanított a Harvard társadalmi kapcsolatok Tanszékén. Clyde Kluckhohnt fia, Richard Kluckhohn is túlélte. Dolgozatainak nagy részét a Harvard Egyetemen tartják, de néhány korai kéziratot a Iowai Egyetem.