Ellis dolgozott Bell Labs 1969-1972 valószínűségszámítás alkalmazott elmélet a számítástechnika. 1972-ben adjunktus és a Colorado Boulder Egyetem Számítástudományi tanszékének alapító tagja lett, hogy az operációs rendszerek kutatásával foglalkozzon.
Ellis három évvel később elfogadta az EECS adjunktusi pozícióját az MIT-n, hogy az ARPANET-hez kapcsolódó kutatásokon dolgozzon. Egy év után otthagyta az MIT-t, hogy a Xerox PARC-nál és a Stanford Egyetemen kezdjen dolgozni. Ellis közel egy évtizedig a Xerox PARC és a Stanford Egyetemen maradt. Ott töltött ideje alatt ikon alapú GUI-n, objektum-orientált programozási nyelveken és csoportmunka-rendszereken dolgozott. “Tagja volt annak a szociológusokból, pszichológusokból és számítógépes tudósokból álló csapatnak, akik az Alto-n, a világ első személyi számítógépén (PC) és a hozzá kapcsolódó interfészeken és szoftvereken dolgoztak. Az 1970-es évekből származó innovációk közül sok, amelyeknek Ellis is része volt, később széles körben kereskedelmi forgalomba került, például az Apple Lisa számítógépében és a Microsoft MS-DOS szoftverében. A PARC-nál Ellis vezette az Office Research Group-ot, amely kifejlesztette az első irodai rendszert, amely ikonokat és Ethernet-et használ a távoli együttműködéshez.”
az 1980-as évek közepén Ellis vezette a Microelectronics and Computer Technology Corporation (MCC) csoportmunka kutatócsoportját. Az MCC-nél a valós idejű kollaboratív Szerkesztés területén végzett erőfeszítéseket vezette, és úttörő szerepet játszott az operatív transzformáció területén. Az 1990-es évek elején Ellis elhagyta az MCC-t, hogy a franciaországi Bull S. A. FlowPath munkafolyamat-termékének főépítésze legyen.
1992-ben Ellis visszatért a University of Colorado Boulder mint egyetemi tanár birtoklás a számítástechnika Tanszék. Ott folytatta munkáját a csoportszoftvereken, különösen a következő generációs, nagyméretű munkafolyamat-rendszereken és az ügynök által közvetített értekezlet-támogató rendszereken. 2009-ben emeritus professzor lett az egyetemen, ahol ragaszkodott ahhoz, hogy rendszeresen tanítson egy bevezető számítástechnikai tanfolyamot, hogy “ösztönözze az összes etnikumú hallgatót látókörük bővítésére.”Annak érdekében, hogy további lehetőségeket biztosítson a hallgatók számára a tudomány és a mérnöki tevékenység folytatására, Ellis” segített létrehozni a 10 hetes nyári multikulturális hozzáférés a kutatási képzéshez (SMART) programot az egyetemen.”
2013-ban Ellis Fulbright ösztöndíjat nyert az Ashesi Egyetem Számítástudományi Tanszékének oktatására és kutatására. Ashesiben kutatási érdeklődése számítógépes rendszerek fejlesztése volt a fejlődő országok alternatív kormányzati formáinak szimulálására.