a CIITA gén utasításokat ad egy olyan fehérje előállításához, amely elsősorban a major histocompatibility complex (MHC) II.osztályú géneknek nevezett gének aktivitásának (transzkripciójának) szabályozásában segít. A transzkripció az első lépés a fehérjék előállításában, a CIITA pedig kritikus fontosságú az MHC II osztályú fehérjéknek nevezett speciális immunfehérjék előállításához ezekből a génekből. A CIITA fehérje koordinálja a különböző fehérjéket, hogy bekapcsolja az MHC II. osztályú gén transzkripcióját, és lehetővé tegye az MHC II.osztályú fehérjék előállítását.
az MHC II osztályú fehérjék többféle immunsejt felszínén találhatók, beleértve az immunreakciókban részt vevő fehérvérsejteket (limfocitákat). Ezek a fehérjék fontos szerepet játszanak a szervezet immunválaszában az idegen betolakodókkal, például baktériumokkal, vírusokkal és gombákkal szemben. Annak érdekében, hogy a szervezet felismerje és leküzdje a fertőzéseket, az MHC II osztályú fehérjék kötődnek az idegen betolakodóktól származó fehérjék (peptidek) fragmenseihez, hogy más speciális immunrendszer sejtek kölcsönhatásba léphessenek velük. Amikor ezek az immunrendszer sejtjei felismerik, hogy a peptidek károsak, kiváltják a limfocitákat és más immunsejteket, hogy immunválaszokat indítsanak, hogy megszabaduljanak az idegen betolakodóktól.
úgy tűnik, hogy a CIITA fehérje szerepet játszik az MHC I. osztályú gének transzkripciójának fokozásában is, amelyek utasításokat adnak az MHC I. osztályú fehérjéknek nevezett immunrendszer fehérjék előállításához. Az MHC II osztályú fehérjékhez hasonlóan az MHC I. osztályú fehérjék idegen betolakodók peptidjeihez kötődnek, és specifikus immunrendszer sejtekhez juttatják őket. Ezek a sejtek ezután megtámadják az idegen betolakodókat, hogy megszabadítsák őket a testből. Míg a CIITA fehérje képes elősegíteni az MHC I. osztályú génaktivitást, ez nem ezeknek a géneknek az elsődleges szabályozója. Más fehérjék hangsúlyosabb szerepet játszanak transzkripciójukban.