absztrakt
a genomszerkesztés terén a közelmúltban jelentős előrelépéseket tettek lehetővé a TALEN és a CRISPR/Cas9 módszerek kifejlesztésével. Ezeknek a technológiáknak a gyorsasága és egyszerűsége a mutáns és transzgenikus organizmusok robbanásához vezetett. A TALEN és a CRISPR/Cas9 módszerek hatékony alkalmazásának sebességkorlátozó lépése a célzási konstrukciók kiválasztása és tervezése. Kifejlesztettünk egy online eszközt, a CHOPCHOP (https://chopchop.rc.fas.harvard.edu), hogy felgyorsítsuk a tervezési folyamatot. A CHOPCHOP a bemenetek széles skáláját fogadja el (génazonosítók, genomi régiók vagy beillesztett szekvenciák), és egy sor fejlett lehetőséget kínál a cél kiválasztásához. Hatékony szekvenciaillesztési algoritmusokat használ a keresési idők minimalizálására, és szigorúan megjósolja az egyvezető RNS-ek (sgrns-ek) és a TALENs célon kívüli kötését. Minden lekérdezés interaktív vizualizációt hoz létre a génről, a jelölt célhelyeket a genomi pozíciójukban jelenítik meg, és a minőségi pontszámok szerint színkódolják. Ezenkívül minden lehetséges célhelyre vizualizálják a restrikciós helyeket és a primer jelölteket, megkönnyítve a mutánsok generálásának és validálásának áramvonalas folyamatát. A CHOPCHOP könnyű használata és gyorsasága értékes eszközzé teszi a genomtechnikában.