a környezetvédelmi ügyek fő felelősségét az Egészségügyi Minisztérium Környezetvédelmi programok osztálya és a Nemzeti Tervezési Hivatal, valamint a Nemzeti Jóléti Minisztérium ökológiai tanácsadó irodája és a Külügyminisztérium környezetvédelmi osztálya viseli.
Chile fő környezeti problémái az erdőirtás és az ebből eredő talajerózió, valamint a levegő, a víz és a föld szennyezése. Az ipari és közlekedési légszennyezés, valamint a vízszennyezés különösen súlyos a városi központokban, ahol a népesség megduplázódott az elmúlt 30 évben. 1996-ban Chile ipari szén-dioxid-kibocsátása 48,7 millió tonna volt. A kezeletlen szennyvíz jelenti a legnagyobb veszélyt az ország vízminőségére. 2001-től Chile 928 cu km megújuló vízkészlettel rendelkezett. Míg a városlakók 99% – a tiszta ivóvízzel rendelkezik, a vidéki lakosoknak csak 58% – A rendelkezik ugyanolyan hozzáféréssel.
Chilében a veszélyeztetett fajok közé tartozik a Dél-andoki huemul, a tundra vándorsólyom, a puna rhea, A Chilei woodstar, a vörösfejű liba és a zöld tengeri teknős. 2001-től 16 emlősfajt, összesen 91-et veszélyeztetettnek tekintettek. A 296 tenyészmadárfaj közül 18-at kihalás fenyegetett. Négy fajta édesvízi hal és 268 növényfaj is veszélyeztetett.