annak igazolása, hogy viszonylag alacsony dózisú klonidin hosszú távú alkalmazása csökkentette az erek értágító és vazokonstriktor szerekre adott válaszkészségét állatokban, a migrén megelőzésében végzett vizsgálatához vezetett emberben. A placebo-kontrollos és nyílt terápiás vizsgálatok eredményei azt mutatták, hogy a klonidin alacsony dózisokban (napi 75-150 bögre) hasznos a migrénes fejfájás megelőzésében a betegek körülbelül 30-50% – ánál. A kontrollos és nyílt vizsgálatokban a betegek 40% – ánál a fejfájás gyakoriságának vagy a fejfájás indexeinek legalább 50% – os csökkenését jelentették. Így a klonidin, mint a migrén intervallumterápiájában alkalmazott egyéb gyógyszerek, várhatóan csak a betegek egy részében lesz hatékony. Bár a klonidint nem hasonlították össze közvetlenül a migrén profilaktikus kezelésében alkalmazott más gyógyszerekkel, az általános klinikai benyomás az, hogy kevésbé hatékony, mint a pizotifen vagy a metizergid. Mivel napi 75-150 bögre adagban viszonylag jól tolerálható, érdemes egy vizsgálatot végezni, különösen azoknál a betegeknél, akiknek első alkalommal profilaktikus migrénterápiára van szükségük, és amikor a migrén hipertóniával társul. A migrén megelőzésében alkalmazott dózisokban, amelyek szinte mindig alacsonyabbak, mint a magas vérnyomásban, a klonidin nem okoz hipotenziót, és cardiovascularis betegségben szenvedő betegeknél alkalmazható. A fő mellékhatások az álmosság és a szájszárazság, amelyek a kezelés folytatásával csökkennek.