a tetrapodák legközelebbi élő rokonának(rokonainak) azonosítása fontos, de még mindig vitatott kérdés a gerinces filogenetikában. Három hipotézis lehetséges, és az alternatívák kizárása még nagy molekuláris adatkészletek esetén is nehéznek bizonyult a gyenge filogenetikai jelhez kapcsolt nem filogenetikai zaj miatt, amely a viszonylag gyors speciációs eseményekből származik, amelyek régen (400 Ma) történtek. Itt újra megvizsgáljuk a szárazföldi gerincesek legközelebbi élő rokonának kilétét filogenomikai szempontból, és új genomikai adatokat tartalmazunk az összes fennmaradt tüdőhal nemzetségre vonatkozóan. Az RNS-seq kiváló alternatívának bizonyul a genomikus szekvenálással szemben, amely jelenleg technikailag nem kivitelezhető tüdőhalaknál a hatalmas (50-130 Gb) és az ismétlődő genomok miatt. Megvizsgáltuk a szisztematikus hiba legfontosabb forrásait, nevezetesen a hosszú ágú vonzást (lba), a kompozíciós heterogenitást és a hiányzó adatok eloszlását, és különböző korrekciós technikákat alkalmaztunk. A multispecies coalescent megközelítést használják a mély összeolvadás magyarázatára, amely a korai sarcopterygian hasadásokat elválasztó rövid és mély internódusokból származhat. Az összefűzési módszerek a tüdőhalakat részesítették előnyben, mint a tetrapodák legközelebbi élő rokonait, erős statisztikai Támogatással. Az aminosav-profil keverékmodellek egyértelműen megoldhatják ezt a nehéz internódust, köszönhetően annak, hogy képesek elkerülni a szisztematikus hibákat. Értékeltük a különböző hely-heterogén modellek és adatparticionálás teljesítményét, és összehasonlítottuk az LBA leküzdésére tervezett különböző stratégiák képességét, beleértve a taxon manipulációt, a leszármazási Arány heterogenitásának csökkentését és a gyorsan fejlődő vagy összetételileg heterogén pozíciók eltávolítását. A tüdőhalnak a tetrapodák testvércsoportjaként történő azonosítása megalapozott a nem stacionárius összetétel és a hiányzó adatok eloszlása tekintetében. A multispecies coalescent módszer rekonstruált erősen támogatott topológiák, amelyek egybevágtak az összefűzéssel, az átható génfa heterogenitás ellenére. Elutasítjuk a korai sarcopterygian kapcsolatok alternatív topológiáit azáltal, hogy növeljük a jel-zaj arányt igazításainkban. Az itt vázolt analitikai csővezeték ötvözi a valószínűségi filogenomikus következtetést az adatminőség, a modell megfelelőségének és a szisztematikus hibák értékelésének módszereivel, és így valószínűleg segít megoldani az élet fájának hasonlóan nehéz internódusait. .