Submit…
A. Door “knippen en plakken”: (I) een enkele sequentie in FASTA-formaat of onlyplain-sequentie, of (ii) meerdere sequenties in FASTA-formaat.
B. een bestand in FASTA-formaat. Typ het pad naar het bestand direct of gebruik de knop “Bladeren” om uw bestand te vinden.
opmerking: ChloroP accepteert alleen aminozuursequenties.
omvat de N-terminus
het wordt sterk aanbevolen om de N-terminus van de ingediende sequentie op te nemen.Hoe verder van het n-terminaal residu de ingediende reeks begint, hoe moeilijker en onbetrouwbaarder de voorspelling zal zijn.
bij voorkeur ongeveer 100 residuen
indien mogelijk ongeveer 100 N-eindresiduen indienen. De voorgestelde lengte is te wijten aan het feit dat de “cTP”/”geen cTP” voorspeller werd getraind met inputsequencen van lengte 100 residuen. Nochtans, kunnen de kortere opeenvolgingen ook tevredengesteld zijn (het is belangrijker dat het n-einddeel intact is). De voorspelling van de splitsingsplaats is beperkt tot het zoeken naar een potentiële splitsingsplaats binnen de 100 meest N-terminale residuen en wordt op zich niet beïnvloed door de lengte van de volgorde.
Sequentienamen
de naam van de sequenties mag van elke lengte zijn, maar alleen de eerste 20 tekens worden gedurende de hele voorspelling bewaard en gepresenteerd op de resultaatpagina van de voorspelling van de chloorkop.
gedetailleerde uitvoer
Vink dit vakje aan als u de neurale netwerkscore ook voor elke Residue (en niet alleen voor elke sequentie) wilt weergeven.Een afgeleide van de netwerkscore die wordt gebruikt voor het vinden van het gebied waar naar de splitsingsplaats wordt gezocht (de 40 residu ‘ s rondom het residu met de hoogste derivaatscore) wordt ook weergegeven, samen met de splitsingsscore (CS-score) voor elk residu.