Los chakras, que significan «rueda», son centros psíquicos que se encuentran a lo largo del eje de la columna vertebral como potenciales de conciencia. Generalmente se representan como lotos. Los chakras no son materialmente reales y deben entenderse como situados, no en el cuerpo burdo, sino en el cuerpo sutil o etérico. Repositorios de energías psíquicas, gobiernan toda la condición del ser. Lo que se conoce más comúnmente es un sistema más reciente que data de alrededor del siglo VIII C. E. con los 7 chakras principales. Pero los antiguos textos espirituales indios se refieren a varios otros sistemas con variaciones en el número de chakras y su ubicación.
Cuando la kundalini es golpeada, despierta, se desenrolla y comienza a elevarse hacia arriba como una serpiente ardiente, rompiendo sobre cada chakra a medida que asciende, hasta que la Shakti se fusiona con Shiva en el chakra del sahasrara.
A medida que la kundalini llega a cada chakra, ese loto se abre y levanta su flor; y tan pronto como sale hacia un chakra superior, el loto cierra sus pétalos y cuelga, simbolizando la activación de las energías del chakra y su asimilación a la kundalini. La dinamización de la kundalini cuando pasa de un chakra a otro es un despliegue de conciencia espiritual etapa por etapa y se dice que permite la adquisición de poderes yóguicos llamados siddhis.
El número creciente de pétalos de loto, en orden ascendente, puede tomarse para indicar la energía ascendente o las frecuencias de vibración de los chakras respectivos, cada uno funcionando como un transformador de energías de una potencia a otra. Cada uno de los 50 pétalos de los primeros 6 chakras están asociados con una de las letras del alfabeto sánscrito.
Cada uno de los chakras, según los Tantras, corresponde a uno de los elementos de los que se compone el mundo conocido. Muladhara representa solidez; Svadhisthana, liquidez; Manipura, lo gaseoso; Anahata, lo aéreo; Vishuddha, el etérico o espacio. Se puede ver todo el proceso como una transformación progresiva de los elementos, con un aumento de la volatilidad. Cada uno de los elementos de los primeros cinco chakras están asociados con un sonido: Lam, Vam, Ram, Ñame, Jamón.
Este ascenso a través de los chakras puede verse como un viaje ascendente a través del ser que refina y sutiliza la energía que es la kundalini, hasta que en el sexto chakra, el Ajna, centro de mando, se ha producido un cambio cualitativo. Los chakras son centros de transformación de energía psíquica o mental en energía espiritual.