Todos los trabajadores y pensionistas están obligados a pagar el 7% de los ingresos del seguro de salud (los pensionistas más pobres están exentos de este pago). Los trabajadores que optan por no afiliarse a un Isapre están cubiertos por Fonasa. Fonasa también cubre a las personas que reciben prestaciones de desempleo, a las mujeres embarazadas sin seguro, a la familia dependiente de los trabajadores asegurados, a las personas con discapacidad mental o física y a las personas pobres o indigentes.
Los beneficiarios de FONASA pueden usar instalaciones de salud públicas o privadas si la instalación de salud privada o el profesional de la salud están asociados con Fonasa en uno de los tres niveles de precios. Al elegir instalaciones de salud pública, el costo es gratuito para las personas mayores de 60 años, las personas sin ingresos o con discapacidades y para los trabajadores que ganan menos de un salario mínimo (MW), o menos de 1,46 MW si tienen tres o más dependientes a cargo. Trabajadores que ganan entre uno y 1,46 MW y tienen menos de dos dependientes, o ganan más de 1.46 MW y tener tres o más dependientes, pagan el 10% de los costos. Los trabajadores que ganan más de 1,46 MW pagan el 20% de los costos si tienen dos o menos dependientes.
El nivel de protección que ofrece ISAPREs depende de los ingresos y el riesgo médico del trabajador, estimados por edad, sexo, antecedentes médicos familiares, etc. (En agosto de 2010, la Corte Constitucional de Chile declaró inconstitucional la determinación del riesgo basada en el sexo y la edad. Esto puede obligar a un afiliado a buscar tratamiento bajo Fonasa cuando un servicio o condición de salud en particular no está cubierto por su Isapre. Los participantes de Isapre pagan un promedio de 9.2% de sus ingresos para el seguro de salud. El pago adicional por encima del 7% requerido es voluntario y se paga para aumentar las prestaciones disponibles. Casi el 60% de los contribuyentes se encuentran en los dos quintiles superiores de ingresos, mientras que solo el 7% se encuentra en el quintil inferior. Isapres a menudo utiliza redes de proveedores para ofrecer beneficios con descuento. También ofrecen un menor tiempo de espera para los servicios. Fonasa, por otro lado, utiliza hospitales públicos de menor costo y puede incluir un paquete de beneficios más amplio por el mismo costo. La compensación es la accesibilidad, ya que el tiempo de espera para los servicios puede ser considerable.
Más del 50% del presupuesto de salud del sector público se recauda a través de los impuestos — esto va al sistema público de seguridad social y el Fonasa planea ayudar a cubrir los gastos. Isapres cubre todos los gastos utilizando solo las contribuciones de los miembros.