El área de Cobble Hill de Brooklyn fue colonizada por europeos a principios del siglo XVII y fue incluida en la recién incorporada Ciudad de Brooklyn en 1834. La actual cuadrícula de calles fue diseñada en el mismo 1834 y en 1860 las antiguas tierras de cultivo se convirtieron en un vecindario de casas adosadas densamente pobladas con bancos, iglesias y tiendas minoristas. Las casas de dos hileras en la esquina de Henry y Amity, más tarde demolidas para dar paso a la clínica, fueron construidas en 1853 por un desarrollador inmobiliario irlandés-estadounidense Edward Wilson.
La construcción del edificio fue financiada por Caroline Herriman Polhemus (fallecida en 1906), la hermana de William H. Herriman, quien proporcionó 4 400,000 al Hospital Universitario de Long Island (LICH) en memoria de su esposo Henry Ditmas Polhemus, quien sirvió como Regente de LICH desde 1872 hasta su muerte en 1895. Caroline Polhemus también donó una granja en el condado de Rockland a la Brooklyn Children’s Aid Society. En el verano de 1895 Caroline Polhemus compró dos casas de esquina y las demolió. Un concurso de arquitectura para diseñar la clínica atrajo seis ofertas; un joven arquitecto, Marshall Emery, ganó el primer premio de 500 dólares. La construcción comenzó en la primavera de 1897 y se completó en diciembre de 1897. Emery describió su edificio, terminado con motivos renacentistas franceses, como «digno y agradable, al mismo tiempo que tiene un carácter tan marcado, monumental y académico como lo permita la peculiar disposición del interior, al tiempo que se abstiene del uso indebido o lujoso de la ornamentación». Emery consultó con médicos y cirujanos para diseñar un hospital completamente moderno. Las entradas separadas en cada fachada separaban a los estudiantes de los pacientes y el personal del hospital.
Las funciones del edificio estaban separadas verticalmente; originalmente, la Clínica Pohlemus albergaba:
- dispensario del hospital en los dos primeros pisos;
- vestuarios de administración y estudiantes en el tercer piso;
- clases de capacitación en los pisos cuarto a séptimo;
- y salas de disección del Departamento de Anatomía en el octavo piso.
La clínica estaba equipada con ascensor, calefacción de vapor, ventilación forzada, generadores eléctricos y una de las primeras máquinas de rayos X existentes. Después de la entrada de los Estados Unidos en la Primera Guerra Mundial, la Clínica Polhemus proporcionó instalaciones de rayos X a los marines de los Estados Unidos.
En julio de 2008, LICH cerró y vendió el Edificio Polhemus (que entonces albergaba sus departamentos de cirugía y anestesia) y la sala de maternidad, citando la necesidad de recaudar dinero para escapar de la bancarrota. Los médicos se dividieron por la decisión, culpando a Continuum Health Partners por la mala administración de los hospitales de Brooklyn.