La aparición de microalgas en superficies artificiales como tejas, hormigón, fachadas de edificios y otras superficies artificiales en áreas urbanas, donde causa una decoloración estéticamente inaceptable de las superficies, representa un problema notable debido a su contribución al biodeterioramiento y a la erosión acelerada. Hasta ahora, la colonización microbiana se ha registrado principalmente macroscópicamente y, por lo tanto, se ha evaluado semicuantitativamente por el grado de decoloración, y los datos visuales se han asignado a una escala de colores para la intensidad de la infestación de algas. Sin embargo, estas evaluaciones carecen de intercalibración y sufren modificaciones de color debido a la presencia simultánea de hongos o propiedades de fondo. Mediante el uso de clorofila a como biomarcador específico de microalgas aeroterrestres, se desarrolló un método de extracción para cuantificar la biomasa. Dos microalgas verdes, Stichococcus sp. y Chlorella sp., fueron aislados de fachadas de edificios, establecidos como monocultivos y utilizados en el presente estudio. Algas muestras mejor conservadas por congelación en nitrógeno líquido, seguido por liofilización y posterior almacenamiento a -18 °C. Dimetil formamida (DMF) demostró ser el mejor disolvente de extracción. La homogeneización mecánica mejoró la extracción hasta en un 20%. Sin embargo, la eficiencia de extracción de clorofila a era muy específica para cada especie y estaba más influenciada por las condiciones de crecimiento, es decir, si las células estaban en fase de crecimiento logarítmico o estacionario. Para alcanzar los valores máximos de clorofila a a partir de muestras de composición de especies de algas desconocidas y estado fisiológico, se encontró necesario realizar al menos dos extracciones de 24 horas en DMF. Si la segunda etapa de extracción contribuyó > 20% a la concentración total de clorofila a, se aplicó una tercera extracción de DMF. Utilizando este ensayo de biomarcadores, se obtuvieron hasta 313 mg de clorofila a m−2 de fachadas de edificios, equivalentes a c. 100 g de peso fresco de algas, lo que representa una alta carga orgánica.