La identificación de los parientes vivos más cercanos de los tetrápodos es una cuestión importante, pero aún controvertida, en la filogenética de los vertebrados. Tres hipótesis son posibles y descartar alternativas ha resultado difícil incluso con grandes conjuntos de datos moleculares debido al ruido no filogenético acoplado a señal filogenética débil resultante de eventos de especiación relativamente rápidos que ocurrieron hace mucho tiempo (400 Ma). Aquí, revisamos la identidad del pariente vivo más cercano de los vertebrados terrestres desde una perspectiva filogenómica e incluimos nuevos datos genómicos para todos los géneros de peces pulmonados existentes. ARN-seq demuestra ser una gran alternativa a la secuenciación genómica, que actualmente no es técnicamente factible en peces pulmonados debido a sus enormes (50-130 Gb) y genomas repetitivos. Examinamos las fuentes más importantes de error sistemático, a saber, atracción de rama larga (LBA), heterogeneidad compositiva y distribución de datos faltantes, y aplicamos diferentes técnicas de corrección. Se utiliza un enfoque coalescente multiespecie para dar cuenta de la coalescencia profunda que podría provenir de los entrenudos cortos y profundos que separan las divisiones sarcopterigianas tempranas. Los métodos de concatenación favorecieron a los peces pulmonados como los parientes vivos más cercanos de los tetrápodos con un fuerte apoyo estadístico. Los modelos de mezclas de perfil de aminoácidos pueden resolver sin ambigüedades este difícil internodo gracias a su capacidad para evitar errores sistemáticos. Evaluamos el rendimiento de diferentes modelos heterogéneos de sitio y partición de datos y comparamos la capacidad de diferentes estrategias diseñadas para superar el LBA, incluida la manipulación de taxones, la reducción de la heterogeneidad de la tasa entre linajes y la eliminación de posiciones heterogéneas composicionalmente o en rápida evolución. La identificación de peces pulmonados como grupo hermano de tetrápodos es sólida en cuanto a los efectos de la composición no estacionaria y la distribución de los datos faltantes. El método coalescente de múltiples especies reconstruido apoyó fuertemente las topologías que eran congruentes con la concatenación, a pesar de la heterogeneidad generalizada del árbol genético. Rechazamos topologías alternativas para las relaciones sarcopterigianas tempranas al aumentar la relación señal-ruido en nuestras alineaciones. La tubería analítica descrita aquí combina la inferencia filogenómica probabilística con métodos para evaluar la calidad de los datos, la adecuación del modelo y la evaluación del error sistemático, y por lo tanto es probable que ayude a resolver entrenudos similarmente difíciles en el árbol de la vida. .