Los Clostridium son bacterias grampositivas, anaerobias, formadoras de endosporas, incapaces de reducir el sulfato de forma diferente. Comprende aproximadamente 180 especies, el género Clostridium es uno de los géneros bacterianos más grandes. La fisiología se dedica principalmente a la producción de ácido. Se conocen numerosas vías, como la fermentación de homoacetato por acetógenos, la fermentación de propionato por Clostridium propionicum y la fermentación de butirato/butanol por C. acetobutylicum, un conocido solvente productor. Los clostridios degradan azúcares, alcoholes, aminoácidos, purinas, pirimidinas y polímeros como el almidón y la celulosa. La conservación de energía se puede realizar por fosforilación a nivel de sustrato, así como por la generación de gradientes iónicos. La formación de endosporas se asemeja al mecanismo elucidado en el Bacilo. La morfología, el contenido y las propiedades de las esporas son muy similares a las endosporas de bacilos. Los clostridios esporulantes generalmente forman células madre hinchadas y acumulan la granulosa de la sustancia de almacenamiento. Sin embargo, la esporulación clostridial difiere por no emplear el llamado fosforilato. La iniciación comienza por la fosforilación directa del regulador maestro Spo0A. La cascada de factores sigma específicos de la esporulación es de nuevo idéntica a lo que se conoce a partir del Bacilo. El inicio de la esporulación está acoplado en algunas especies a la formación de solventes (acetona, butanol) o toxinas (por ejemplo, enterotoxina de C. perfringens). La germinación de las esporas a menudo es inducida por varios aminoácidos, a menudo en combinación con iones de fosfato e sodio. En aplicaciones médicas, las esporas de C. butyricum se utilizan como C. profilaxis difficile y como tratamiento contra la diarrea. Las esporas recombinantes se están investigando y probando actualmente como agentes antitumorales, ya que germinan solo en tejidos hipóxicos (es decir, tejido tumoral), lo que permite un objetivo preciso y la destrucción directa de las células tumorales.