En 1768, el explorador francés Louis Antoine de Bougainville nombró la isla en honor al entonces ministro de Relaciones Exteriores francés, Étienne François, duque de Choiseul.
El primer avistamiento registrado por los europeos fue por la expedición española de Álvaro de Mendaña en abril de 1568. Más precisamente, el avistamiento se debió a un viaje local realizado en una pequeña embarcación, según los relatos el bergantín Santiago, comandado por el maestre de Campo Pedro Ortega Valencia y con Hernán Gallego como piloto. Lo trazaron como San Marcos, y también nombraron el estrecho canal que separaba San Jorge de la isla Santa Isabel como el canal Ortega en honor al comandante de la expedición.
En el siglo XIX, los isleños de Choiseul sufrieron ataques de cría de ganado negro (el reclutamiento o secuestro a menudo brutal de trabajadores para las plantaciones de azúcar en Queensland y Fiji).
En abril de 1885, el Imperio Alemán declaró un Protectorado sobre las Islas Salomón del Norte, incluyendo Choiseul. En 1900, bajo los términos del Tratado de Berlín (14 de noviembre de 1899), Alemania transfirió las Islas Salomón del Norte (a excepción de Bougainville y sus islas circundantes) al Protectorado Británico de las Islas Salomón a cambio de que los británicos renunciaran a todas las reclamaciones sobre Samoa. Los misioneros se establecieron en Choiseul bajo ambos protectorados, convirtiendo a la mayoría de la población al cristianismo. A principios del siglo XX, varias empresas británicas y australianas comenzaron a plantar cocoteros a gran escala.
El antropólogo y fotógrafo austriaco Hugo Bernatzik visitó Choiseul en 1932. Bernatzik documentó algunas de las pocas costumbres ancestrales que quedaban de los isleños y las describió en una etnografía que publicó unos años más tarde. También tomó algunas fotografías de los isleños y trajo de vuelta una urna de piedra con tallas, que reflejaba una cultura que consideraba que estaba muriendo en contacto con el mundo moderno.
Durante la Segunda Guerra Mundial, las fuerzas japonesas ocuparon Choiseul en 1942. Un batallón de marines estadounidenses llevó a cabo una incursión en la isla entre octubre y noviembre de 1943, para desviar la atención de los desembarcos en el Cabo Torokina.
Tras la independencia de las Islas Salomón en julio de 1978, Choiseul ha sido administrado como parte de la provincia de Choiseul.