Cn3D es una herramienta de visualización para estructuras biomoleculares, secuencias y alineaciones de secuencias. Lo que distingue a Cn3D de otros programas informáticos es su capacidad para correlacionar información de estructura y secuencia: por ejemplo, un científico puede encontrar rápidamente los residuos en una estructura cristalina que corresponden a mutaciones conocidas de enfermedades, o residuos conservados de sitios activos de una familia de homólogos de secuencia. Cn3D muestra alineaciones de estructura-estructura junto con sus alineaciones de secuencia basadas en estructura, para enfatizar qué regiones de un grupo de proteínas relacionadas se conservan más en estructura y secuencia. También se incluyen funciones de etiquetado personalizadas, gráficos OpenGL de alta calidad y una variedad de exportaciones de archivos que, en conjunto, convierten a Cn3D en una poderosa herramienta para la anotación de literatura. Cn3D normalmente se ejecuta desde un navegador WWW como una aplicación auxiliar para el sistema Entrez de NCBI, pero también se puede usar como una aplicación independiente.
Con la versión 4, Cn3D ahora también es un editor de alineación múltiple completo, e incluye algoritmos para alinear secuencias a otras secuencias y estructuras. Ahora puede crear e incluso anotar varias alineaciones. Cn3D se utiliza como la herramienta principal de curación de alineación para el proyecto CDD.