En 1949, Kluckhohn comenzó a trabajar entre cinco comunidades adyacentes en el suroeste: Zuni, Navajo, Mormón (SUD), Hispano-Estadounidense (Mexicano-Estadounidense) y colonos de Texas Un enfoque metodológico clave que desarrolló junto con su esposa Florence Rockwood Kluckhohn y sus colegas Evon Z. Vogt y Ethel M. Albert, entre otros, fue la Teoría de la Orientación de Valores. Creían que la comprensión y la comunicación transculturales podrían facilitarse analizando la orientación de una cultura dada hacia cinco aspectos clave de la vida humana: Naturaleza humana( personas consideradas intrínsecamente buenas, malas o mixtas); Relación Hombre-Naturaleza (la visión de que los seres humanos deben estar subordinados a la naturaleza, dominar sobre la naturaleza o vivir en armonía con la naturaleza); Tiempo (valor primario colocado en el pasado/tradición, presente/disfrute, o futuro/posteridad/gratificación retardada); Actividad (ser, convertirse/desarrollo interno, o hacer/esforzarse/laboriosidad); y Relaciones Sociales (jerárquicas, colaterales/colectivas igualitarias o individualistas). El Método de Orientación de Valores fue desarrollado más a fondo por Florence Kluckhohn y sus colegas y estudiantes en años posteriores.
Kluckhohn recibió muchos honores a lo largo de su carrera. En 1947 se desempeñó como presidente de la Asociación Antropológica Americana y se convirtió en el primer director del Centro de Investigación Ruso de Harvard. En el mismo año, su libro Mirror for Man ganó el premio McGraw Hill a la mejor escritura popular sobre ciencia.
Kluckhohn inicialmente creía en la igualdad biológica de las razas, pero más tarde invirtió su posición. Kluckhohn escribió en 1959 que » a la luz de la acumulación de información sobre la incidencia significativamente variable de genes mapeados entre diferentes pueblos, parece imprudente asumir de plano que ‘la capacidad innata del hombre no varía de una población a otra’…. Partiendo de la premisa de que las capacidades específicas están influenciadas por las propiedades de cada reserva genética, parece muy probable que las poblaciones difieran cuantitativamente en sus potencialidades para determinados tipos de logros.»
Clyde Kluckhohn murió de un ataque al corazón en una cabaña en la parte superior del río Pecos cerca de Santa Fe, Nuevo México. Le sobrevivió su esposa, la Dra. Florence Rockwood Kluckhohn, quien también enseñó antropología en el Departamento de Relaciones Sociales de Harvard. A Clyde Kluckhohn también le sobrevivió su hijo, Richard Kluckhohn. La mayoría de sus trabajos se conservan en la Universidad de Harvard, pero algunos de los primeros manuscritos se conservan en la Universidad de Iowa.