En ese momento, dos generales romanos luchaban por ser los líderes de la República Romana. Eran Pompeyo y Julio César. Julio César derrotó a Pompeyo en la Batalla de Farsalo en Grecia, 48 a. C. Pompeyo huyó a Egipto desde Farsalo, y fue asesinado por orden de Ptolomeo.
Ptolomeo y sus partidarios pensaron que César estaría complacido, pero eso fue un gran error. César había perdonado a muchos de los senadores que lucharon contra él. Su razón era sentar las bases para la paz en Roma. El asesinato de Pompeyo atravesó los planes de César. Peor aún, Pompeyo era cónsul romano, y viudo de la única hija de César, Julia. Peor aún, Pompeyo fue decapitado frente a su quinta esposa e hijos, que se encontraban en el barco del que acababa de desembarcar. Esto aseguró que la poderosa familia de Pompeyo y sus partidarios nunca lo olvidarían, y siempre serían enemigos de César. Terminó casándose con sus dos hermanos.
Entonces César llegó a Alejandría, la capital de Egipto. Económicamente, Egipto era una canasta de pan que podía alimentar al pueblo de Roma. Cleopatra recibió a César a su manera única. Se acostó en una alfombra. Entonces sus sirvientes enrollaron la alfombra con Cleopatra dentro. Luego la alfombra fue llevada al palacio donde se alojaba César. The guards saw some people carrying a carpet and they did not stop them. Le llevaron la alfombra a César. Entonces Cleopatra salió de la alfombra. César se enamoró de ella y se convirtieron en amantes. En ese momento, Cleopatra tenía 21 años y César 52.
César decidió hacer reina de Cleopatra de nuevo. A Ptolomeo no le gustaba eso. Hubo muchas peleas, pero César ganó. Ptolomeo trató de irse, pero cayó en el río Nilo y se ahogó. Otro hermano menor se convirtió en rey, pero Cleopatra volvió a ser el verdadero líder de Egipto. Cleopatra no se casó con Julio César, pero tuvieron un hijo. Se llamaba Cesarión.
Poco después de que Cesarión naciera, César fue asesinado mientras caminaba hacia el Senado en Roma. Cleopatra y su séquito estaban en Roma cuando César fue asesinado el 15 de marzo del 44 a. C. Cleopatra huyó de regreso a Egipto.