No está claro cuánto tiempo vivió Cleopatra V, y con qué menciones de Cleopatra Trifena en el registro histórico debe identificarse, ya que la numeración utilizada para distinguir a los Ptolomeos es una invención moderna. Cleopatra Trifena V desapareció alrededor de la época en que nació Cleopatra VII (69 a.C.): su nombre comienza a desaparecer de los monumentos y papiros, y hay un papiro de Ptolomeo XII del 69 a. C. que no la menciona, pero se esperaría que lo hiciera si aún estuviera viva.
Hay algunos indicios de que Cleopatra pudo haber muerto en el año 69 a.C. — pudo haber muerto en el parto o posiblemente fue asesinada. Si realmente hubiera muerto tan temprano, entonces la Cleopatra Trifena que se menciona-después de la expulsión de Ptolomeo XII — como co-gobernante de Egipto (junto con Berenice IV) en 58 y 57 a.C., y murió alrededor del 57 a. C., debe ser su hija, numerada por algunos historiadores como Cleopatra VI Trifena. Esto también está soportado por el pórfido.
Por otro lado, hay una dedicatoria en el Templo de Edfu del 5 de diciembre del 57 a.C. que inscribe el nombre de Cleopatra Trifena junto con el de Ptolomeo XII (que, sin embargo, no estaba presente en Egipto en ese momento), lo que habría significado la esposa del rey en lugar de la hija y sería poco probable que la esposa de Ptolomeo XII realmente hubiera muerto ya doce años antes. Por lo tanto, algunos historiadores modernos, aunque no todos, consideran que Cleopatra V es idéntica a la supuesta Cleopatra VI Trifena, y tiene su vida hasta el año 57 a. C. Esto concuerda con el relato de Estrabón, que informa que Ptolomeo XII tuvo solo tres hijas; estas se pueden identificar de manera confiable como Berenice IV, Cleopatra VII y Arsinoe IV como hijas del rey, por lo que no habría espacio para una Cleopatra VI. Werner Huss asume que estallaron disputas entre Cleopatra V y Ptolomeo XII en el 69 a.C. y que como resultado de estas disputas, Cleopatra V cayó en desgracia y se vio obligada a renunciar.
Cleopatra V fue probablemente la madre de Cleopatra VII. Michael Grant llega a la conclusión de que «en general» parece muy probable que Cleopatra V fuera la madre de Cleopatra VII, señalando que si Cleopatra VII hubiera sido ilegítima, sus «numerosos enemigos romanos habrían revelado esto al mundo.»Continúa, debemos descartar la hipótesis de que Cleopatra VII fue concebida por la futura segunda esposa de Ptolomeo XII mientras Cleopatra V estaba en la escena, y que si esta segunda esposa desconocida hubiera sido la madre de Cleopatra VII y más tarde hubiera sido «reina legitimada», Cleopatra VII todavía habría sido considerada una bastarda y » sus enemigos romanos no habrían perdido la pista.»Duane W. Roller especula que Cleopatra podría haber sido la hija de una mujer teórica mitad macedonio-griega, mitad egipcia que pertenecía a una familia de sacerdotes dedicados a Ptah y que era «técnicamente ilegítima» (sin embargo, sostiene que cualquiera que fuera la ascendencia de Cleopatra, ella valoraba más su herencia griega Ptolemaica), pero señala que si esta mujer desconocida no era la madre de Cleopatra, entonces Cleopatra V sería su madre. Parte de su argumento se basa en la mención de Estrabón de que Ptolomeo XII tenía solo tres hijas, siendo Berenice la única legítima. Pero como señala Grant, de todos los ataques a Cleopatra VII, su ilegitimidad no está entre ellos, y solo se menciona en una declaración informal de Estrabón.
La mayoría de los eruditos están de acuerdo en que Berenice IV era hija de Cleopatra V. Una esposa diferente de Ptolomeo XII puede haber sido la madre de los hermanos menores de Cleopatra VII, es decir, Arsinoe IV, Ptolomeo XIII y Ptolomeo XIV. Sin embargo, Christopher Bennett piensa que Cleopatra V era la madre de todos los hijos conocidos de Ptolomeo XII.