Resumen
Recientemente se han hecho posibles grandes avances en la edición del genoma con el desarrollo de los métodos TALEN y CRISPR/Cas9. La velocidad y facilidad de implementación de estas tecnologías ha llevado a una explosión de organismos mutantes y transgénicos. Un paso que limita la velocidad en la aplicación eficiente de los métodos TALEN y CRISPR/Cas9 es la selección y el diseño de construcciones de segmentación. Hemos desarrollado una herramienta en línea, CHOPCHOP (https://chopchop.rc.fas.harvard.edu), para agilizar el proceso de diseño. CHOPCHOP acepta una amplia gama de entradas (identificadores de genes, regiones genómicas o secuencias pegadas) y proporciona una serie de opciones avanzadas para la selección de objetivos. Utiliza algoritmos eficientes de alineación de secuencias para minimizar los tiempos de búsqueda y predice rigurosamente el enlace fuera de destino de ARN de una sola guía (sgRNAs) y TALENs. Cada consulta produce una visualización interactiva del gen con los sitios de destino candidatos mostrados en sus posiciones genómicas y codificados por colores de acuerdo con las puntuaciones de calidad. Además, para cada posible sitio objetivo, se visualizan los sitios de restricción y los candidatos de imprimación, lo que facilita una canalización simplificada de generación y validación de mutantes. La facilidad de uso y la velocidad del CHOPCHOP lo convierten en una herramienta valiosa para la ingeniería genómica.