La responsabilidad principal en materia ambiental recae en el departamento de programas ambientales del Ministerio de Salud y en la Oficina Nacional de Planificación, así como en la oficina de asesoría ecológica del Ministerio de Bienestar Nacional y en el departamento de medio ambiente del Ministerio de Relaciones Exteriores.
Los principales problemas ambientales de Chile son la deforestación y la erosión del suelo resultante, y la contaminación de su aire, agua y tierra. La contaminación del aire de la industria y el transporte y la contaminación del agua son especialmente agudas en los centros urbanos, donde la población se ha duplicado en los últimos 30 años. En 1996, las emisiones industriales de dióxido de carbono de Chile ascendieron a 48,7 millones de toneladas métricas. Las aguas residuales no tratadas representan la mayor amenaza para la calidad del agua de la nación. En 2001, Chile contaba con 928 kilómetros cúbicos de recursos hídricos renovables. Mientras que el 99% de los habitantes de las zonas urbanas tienen agua potable pura, sólo el 58% de los habitantes de las zonas rurales tienen el mismo acceso.
Las especies en peligro de extinción en Chile incluyen el huemul Sur andino, el halcón peregrino de la tundra, el ñandú de la puna, la estrella del bosque chilena, el ganso de cabeza rojiza y la tortuga marina verde. A partir de 2001, 16 especies de mamíferos en un total de 91 se consideraban en peligro de extinción. De 296 especies de aves reproductoras, 18 estaban en peligro de extinción. También estaban amenazados cuatro tipos de peces de agua dulce y 268 especies de plantas.