El agente patógeno para la malaria fue descubierto por Alphonse Laveran, un médico militar francés en Constantina, Argelia, en 1880. En Argelia, Laveran a menudo realizaba necropsias a las víctimas de la malaria. En su sangre se veían numerosos cuerpos pigmentados y otros cuerpos en cuyo borde se encontraban filamentos móviles o flagelos. El movimiento rápido y variado de estos flagelos indicó a Laveran que debían ser parásitos. Encontró parásitos en 148 de 192 casos y concluyó que eran la causa de la malaria. Llamó a la parasiteOscilliaria malariae, pero el nombre italiano Jasodium más tarde ganó el favor.
Laveran encontró que los pigmentos patológicos también se podían encontrar en el cerebro, el bazo y el hígado de pacientes que habían muerto de malaria. Su trabajo no fue aceptado de inmediato. En 1884, Laveran persuadió a Pasteur y Emile Roux de lo correcto de sus puntos de vista cuando un raro caso de malaria maligna en un soldado en París le dio la oportunidad de demostrar el parásito. Sugirió en 1884 que el vector era el mosquito, pero fue el trabajo de Patrick Manson, Giovanni Grassi y Ronald Ross el que aclaró el ciclo de vida del parásito y la transmisión de la enfermedad por el mosquito anopheles. Ross, que descubrió los protozoos de la malaria en la pared del estómago y las glándulas salivales del mosquito anófeles en 1897, recibió el premio Nobel por este descubrimiento en 1902, 5 años antes que su maestro Laveran.
A principios de 1890 el trabajo de Laveran le trajo el reconocimiento de las principales sociedades científicas y médicas de París, así como más ampliamente en la comunidad científica internacional, pero el servicio médico militar del ejército no reconoció sus contribuciones de la manera que había esperado. Profundamente insatisfecho, renunció al servicio médico militar el 15 de diciembre de 1896. El Instituto Pasteur de París le ofreció espacio de laboratorio e independencia, nombrándolo Jefe Honorario de Investigación. Laveran fue una poderosa influencia en el desarrollo de la investigación en enfermedades tropicales. Con los tripanosomas, dilucidó los ciclos de vida y las actividades de la enfermedad, así como las medidas terapéuticas y profilácticas contra las enfermedades que causaban. Contribuyó particularmente a la comprensión de la transmisión de la enfermedad del sueño. También estudió los parásitos de Leishmania. En 1884, Laveran publicó Traité des fièvres palustres, y ganó el Premio Nobel de Fisiología o Medicina en 1907, por demostrar el papel desempeñado por los protozoos en la causa de enfermedades. Con el dinero del premio fundó un laboratorio de medicina tropical en el Instituto Pasteur.
Durante la primera guerra mundial, además de ser miembro de una Comisión de Higiene y Profilaxis, organizó medidas preventivas contra la malaria en áreas donde las tropas francesas se encontrarían con la enfermedad. En 1912 fue nombrado Comandante de la Legión de Honor. Sus colegas médicos lo nombraron Director Honorario del Instituto Pasteur en 1915 en su cumpleaños número 70 y Presidente de la Academia de Medicina en 1920.
Laveran fue honrado filatélicamente con un sello emitido por Argelia en 1954. Laveran se muestra con un uniforme militar (Stanley Gibbons 327, Scott 252).