Charles Chauncy era bisnieto de Charles Chauncy, segundo presidente del Harvard College. El joven Charles nació y se educó en Boston. Se graduó de Harvard en 1721 y recibió su maestría allí en 1724. Ordenado ministro de la Primera Iglesia de Boston en 1727, ocupó este prestigioso cargo durante 60 años. En 1727 se casó con la primera de tres esposas, Elizabeth First; en 1738 se casó con Elizabeth Townsend; y en 1760 con Mary Stoddard. Era una persona seria, diligente y un erudito enérgico de la religión y la Biblia.
Chauncy se convirtió en el crítico más formidable del Gran Despertar. En 1741 dio una conferencia notablemente cercana en espíritu al pensamiento del clérigo de Nueva Inglaterra Jonathan Edwards, pero un año después Chauncy predicó en contra de los avivamientos. Sus Pensamientos de temporada sobre el Estado de la Religión (1743) es un tratado cuidadosamente construido contra el entusiasmo religioso. Refiriéndose extensamente a la Biblia, presentó el Gran Despertar como un tiempo de emotividad desenfrenada, orgullo espiritual, engaño y desorden. Cuando George Whitefield, el gran evangelista inglés, regresó a Nueva Inglaterra en 1744, no fue bienvenido ni en Harvard ni en Yale, y Chauncy, miembro de la Junta de Supervisores de Harvard, eligió este momento para predicar una excoriación de Whitefield y el Despertar.
Aunque Chauncy se consideraba a sí mismo un calvinista, reinterpretó el calvinismo en varios puntos importantes, alejándose de los puntos de vista sostenidos por sus contemporáneos más ortodoxos. Predicó contra un establecimiento anglicano en las colonias. Chauncy veía la razón como la esencia de» nuestro carácter de hombres » y creía que ayudaría a guiar a una persona a la salvación. El contraste entre la fe y las obras como opuestos, sentía, había sido exagerado.
La creencia de Chuncy en la fiabilidad esencial del sentido común, incluso en los no redimidos, deriva de su confianza en la benevolencia de la Deidad. Sostuvo que la muerte de Cristo era necesaria para la salvación del hombre, no para apaciguar a un Dios vengativo, sino porque este evento cataclísmico despertó a los pecadores a la autoridad de Dios. Chauncy sentía que Cristo murió no para redimir a unos pocos elegidos, sino para salvar a toda la humanidad, y que el pecado original no era una condición imputada, sino simplemente una tendencia innata. Se movió gradualmente hacia el universalismo y el concepto de Dios como el monarca único del universo en lugar del Dios de tres personas del Calvinismo. Estos temas son básicos para su influyente Visión completa del Episcopado (1771), así como para otras dos obras, The Benevolence of the Deity (1784) y The Mystery Hid fromm Ages or or the Salvation of All Men ((1784), ambas publicadas anónimamente en Londres, pero aparentemente escritas antes de 1768. El pensamiento de Chauncy anticipó significativamente los desarrollos del siglo XIX en la teología de Nueva Inglaterra.