El reciente interés renovado en el descubrimiento de fármacos fenotípicos ha puesto de forma concomitante un enfoque en la deconvolución del objetivo para lograr la identificación del fármaco y el objetivo. A pesar de que hay terapias prescritas cuyo modo de acción no se comprende completamente, el conocimiento del objetivo primario facilitará inevitablemente el descubrimiento y la traducción de la eficacia desde el banco hasta la cabecera. La determinación de los objetivos y las vías subsiguientes también facilitarán los estudios de seguridad y el desarrollo general de nuevos candidatos a fármacos. Hoy en día, hay varias técnicas disponibles para identificar el objetivo primario, muchas de las cuales dependen de la espectrometría de masas (MS) para identificar las interacciones de proteínas compuesto – objetivo. El Ensayo de Desplazamiento Térmico Celular (CETSA®) es muy adecuado para identificar el compromiso objetivo entre los ligandos y sus objetivos proteicos. Varios estudios han demostrado que CETSA combinado con MS es una técnica poderosa que permite la deconvolución de diana no etiquetada en muestras complejas, como células y tejidos intactos, además de lisados celulares y otras suspensiones de proteínas. La aplicabilidad de CETSA MS para fines de deconvolución objetivo se discutirá y ejemplificará en esta mini revisión.