Im Rahmen der Vereinbarungen der Konferenz von Jalta fand im Oktober 1945 in der Mongolei unter der Schirmherrschaft der Vereinten Nationen (UN) eine Volksabstimmung statt, bei der die Unabhängigkeit gegenüber der Autonomie mit überwältigender Mehrheit befürwortet wurde. Die Republik China erkannte die Mongolei im Januar 1946 an, und die beiden Länder unterzeichneten im Februar einen Freundschaftsvertrag. Im Juni 1946 stellte die Mongolei den ersten von mehreren erfolglosen Beitrittsanträgen zur UNO. In der Zwischenzeit erkannte die Mongolei die Volksrepublik China 1949 an und nahm diplomatische Beziehungen zu Nordkorea (1948), den sowjetischen Satellitenländern Ost- und Mitteleuropas (1950) und Indien (1955) auf. Die Mongolei wurde 1961 in die UNO aufgenommen, und 1963 wurde das Vereinigte Königreich das erste westliche Land, das Beziehungen zur Mongolei aufnahm.
Die 1950er Jahre waren eine Zeit des politischen Übergangs und des wirtschaftlichen Fortschritts. Choibalsan starb 1952 in einem Moskauer Krankenhaus, und Tsedenbal wurde zum Vorsitzenden ernannt., das Äquivalent des Premierministers) des Ministerrates, (das höchste Organ der Exekutive. 1954 wurde MPRP-Generalsekretär Tsedenbal von Dashiin Damba (Dashiin Damba) verdrängt, wer zum ersten Sekretär von MPRP ernannt wurde, aber 1958 übernahm Tsedenbal Kontrolle Partei — auch als erster Sekretär — und hatte Damba entlassen auf ideologischen Gründen. Die Kollektivierung der Viehzucht wurde in den 1950er Jahren abgeschlossen, da die Hirten verpflichtet waren, alle bis auf wenige ihrer Tiere an die großen Genossenschaften (Negdel) abzugeben. Die transmongolische Eisenbahn – gemeinsam von den Mongolen und Sowjets gebaut und 1955 fertiggestellt — überspannte die Mongolei von Norden nach Süden und diente als Symbol der sowjetisch-chinesischen Solidarität, wurde jedoch mit der sowjetischen Breitspur und nicht mit der in China verwendeten Normalspur gebaut. 1958 nahm die Mongolei an den RGW-Sitzungen teil und trat 1962 dieser Organisation bei.
Die Mongolei und China unterzeichneten 1960 einen Vertrag über Freundschaft und gegenseitige Unterstützung, und die beiden Länder trennten die lange Grenze zwischen ihnen freundschaftlich ab. Der ideologische Streit zwischen der Sowjetunion und China über die Einheit und Führung der kommunistischen Bewegung verschlechterte jedoch die Beziehungen der Mongolei zu China. China kritisierte die Sowjets scharf für ihren Umgang mit der Kubakrise im Oktober 1962 mit den Vereinigten Staaten und führte zwei Jahre später seinen ersten Atombombentest durch — die vorherrschenden Winde trugen radioaktiven Fallout nach Norden in das mongolische Territorium. Im Januar 1966 unterzeichneten die Mongolei und die Sowjetunion einen neuen Vertrag über Freundschaft, Zusammenarbeit und gegenseitige Unterstützung, der geheime Protokolle enthielt, die es den Sowjets ermöglichten, Truppen, Flugzeuge und Raketen in der Mongolei zu stationieren. Die chinesisch-sowjetischen Beziehungen degenerierten weiter nach Zusammenstößen zwischen ihren Truppen entlang ihrer Grenze am Fluss Ussuri (Wusuli) im März 1969. In der Zwischenzeit hatte der chinesische Führer Mao Zedong die Bewegung ins Leben gerufen, die als Kulturrevolution (1966-76) bekannt wurde, unter der insbesondere die Mongolen der Inneren Mongolei erheblich litten.
1949 hatte die MPRP die Lehre der mongolischen Geschichte verurteilt und behauptet, dass diejenigen mit „bürgerlich-nationalistischen“ Ansichten die Eroberungen Dschingis Khans und die „feudale“ Vergangenheit der Mongolei auf Kosten der Errungenschaften der Partei und der mongolischen Revolution priesen. Nichtsdestotrotz, als sich der 800. Jahrestag von Dschingis Khans Geburt im Jahr 1962 näherte, beschloss die Partei, Feierlichkeiten zu organisieren, die die Enthüllung eines neuen Denkmals für ihn, Reden und die Ausgabe einer Reihe von Gedenkbriefmarken beinhalteten. Nach sowjetischer Kritik, die Dschingis als „reaktionär“ bezeichnete, dessen „tatarisch-mongolisches Joch“ Russland verwüstet hatte, sagte die Mongolei die Feierlichkeiten jedoch schnell ab und zog die Briefmarken zurück. Es folgte eine neue MPRP-Bewertung von Dschingis Khan, die ihn auch als reaktionär ansah und ihm nur die Vereinigung der mongolischen Stämme zuschrieb. Jede Abweichung von dieser Linie galt als unerwünschte Förderung des Nationalismus und wurde nicht toleriert. Diese Politik erstickte praktisch alle Diskussionen über Dschingis Khan und den mongolischen Nationalismus für die nächsten 40 Jahre.
Die Spannungen zwischen der Mongolei und China eskalierten in den 1970er Jahren. Die Mongolei beschuldigte China, die Mongolei annektieren zu wollen und als Vorwand für ihre territorialen Ansprüche auf mongolisches Territorium Dschingis Khan als Kaiser der Yuan-Dynastie zu fördern. China konterte während seiner eigenen Feierlichkeiten zum 800-jährigen Bestehen, indem es die Sowjetunion dafür kritisierte, die Mongolei durch Stationierung von Truppen und militärischer Ausrüstung dort „besetzt“ zu haben. Im April 1978 forderte China den sowjetischen Rückzug aus der Mongolei, und Premier Tsedenbal besuchte umgehend eine in der Mongolei stationierte sowjetische Armeeeinheit, um ihr für den Schutz des Landes vor der chinesischen „Bedrohung“ zu danken. Die Mongolei begann Anfang 1979 mit der Ausweisung chinesischer Einwanderer und warf ihnen „expansionistische Verschwörungen“ vor, die das Misstrauen zwischen den beiden Ländern weiter verschärften. Die Spannungen in der Region ließen Mitte der 1980er Jahre erheblich nach, als sowjetische und mongolische Führer Schritte unternahmen, um die Beziehungen zu China zu normalisieren. Die diplomatischen Beziehungen zwischen der Mongolei und China wurden 1986 wieder aufgenommen.