Die Gemeinde begann als Missionskirche der Gesellschaft Jesu, die von Jesuiten in Fort de Buade an der Stelle des heutigen St. Ignace und dann von Mitgliedern desselben Ordens in Fort Michilimackinac (im heutigen Mackinaw City) gedient wurde. Das jesuitische Erbe der Pfarrei wurde in den 1740er Jahren verwässert, als ein Schwerpunkt der Missionsarbeit, die Odawa (Ottawa) Völker der Straße von Mackinac, auf der Suche nach fruchtbarem Ackerland von der sandigen Region um Fort Michilimackinac nach New L’Arbre Croche zog Standorte südwestlich entlang der Küste des Michigansees. Cross Village entwickelte sich in ihrem zentralen Dorf. Der Standort Fort Michilimackinac entwickelte sich als Pfarrkirche für eine teilweise vorübergehende Bevölkerung, zu der viele reisende Pelzhändler und Voyageure gehörten. Die Kirche und die Pfarrei des Forts wurden zunehmend mit der Heiligen Anna identifiziert, die viele Voyageurs als Schutzpatronin verehrten.
Die verbleibenden Verbindungen zwischen der Gesellschaft Jesu und der Pfarrei Sainte Anne de Michilimackinac wurden 1765 unterbrochen, als die Nachricht von der Unterdrückung der Gesellschaft Jesu ins Innere Nordamerikas gebracht wurde. Der Jesuitenorden konnte diese oder andere Missionskirchen der Großen Seen nicht mehr besetzen. Die Pfarrei wurde durch die hingebungsvollen Bemühungen einer Reihe von Laiengemeindemitgliedern aufrechterhalten, viele von ihnen Frauen. Dieser Status, der unter anderen Umständen von den damaligen Maßstäben als etwas unregelmäßig angesehen worden sein könnte, wurde von der Kirche wegen der Hingabe der Gemeindemitglieder akzeptiert und gefeiert. Zum Beispiel pflegte die Laienführung sorgfältig einen an die Kirche angeschlossenen Wohnraum für den abwesenden Priester. Während dieser Zeit der de facto Laienführung, in der die Gemeinde keinen zugewiesenen Priester hatte, wurde das Kirchengebäude demontiert und (auf britischen Befehl) von Fort Michilimackinac nach Mackinac Island, seinem neuen ständigen Wohnsitz, verlegt 1780-1781.
Amerikanische Grenzedit
Die Insel und die Gemeinde wurden 1796 im Rahmen des Jay-Vertrags mit Großbritannien an der Grenze zu Kanada als Gebiet der Vereinigten Staaten definiert. Es war eine blühende Grenzgemeinde, die auf dem Pelzhandel basierte. Das Wirtschaftswachstum des Handels und des Hafens der Insel zog mehr Amerikaner an. Die allgemeine Gleichgültigkeit der neuen amerikanischen Militärbehörden gegenüber dem katholischen Glauben führte zum vorübergehenden Zerfall der kirchlichen Struktur der Laienführung. 1803 stellte Pater Gabriel Richard, der die Pfarrei besuchte, um die Sakramente anzubieten, fest, dass der Altar geschändet und das Priesterquartier für die Nutzung als Bordell angepasst worden war. Nach dem Krieg von 1812 wurde die Gemeinde von einer prominenten lokalen Pelzhändlerin, Madeline La Framboise, einer Ojibwe, gerettet, die mit einer Reihe von Gastpriestern zusammenarbeitete, um den Status der Kirche als Kultstätte wiederherzustellen. Sie spendete auch Land, das als Standort für die Kirche genutzt werden sollte.
Mit fortgesetzter Ansiedlung in der Region stellte die katholische Kirche ein geographisch strukturiertes System des katholischen Lebens und der Anbetung in Michigan Territory wieder her. Pater Samuel Charles Mazzuchelli wurde 1830 nach Sainte Anne de Michilimackinac versetzt; Er war der erste ansässige Priester seit 65 Jahren. Die Pfarrei wurde 1853 der heutigen Diözese Marquette zugewiesen. Mit Bevölkerung und Wirtschaftswachstum zerstörte die Kirche ihre historische Blockstruktur in den 1870er Jahren. Es ersetzte es durch die 1874 begonnene und in den 1880er Jahren fertiggestellte Fachwerkkirche, die heute in Gebrauch ist.
Als sich das 300-jährige Jubiläum des Kirchenbuchs näherte, wurde die Sainte Anne Church 1992 als registrierte Michigan Historic Site mit der Bezeichnung SO622 anerkannt. An der Kirche wurde ein staatlicher historischer Marker errichtet. Gemessen an der Kontinuität seiner Pfarrbücher, Die Gemeinde Sainte Anne de Michilimackinac ist eine der ältesten römisch-katholischen Gemeinden im Inneren Nordamerikas. Im Erdgeschoss der Kirche befindet sich ein Museum, das Artefakte aus der Geschichte der Gemeinde interpretiert und zeigt.