Der Nachweis, dass die langfristige Verabreichung relativ niedriger Dosen von Clonidin die Reaktionsfähigkeit von Blutgefäßen auf Vasodilatatoren und Vasokonstriktoren bei Tieren verringerte, führte zu einer Untersuchung zur Vorbeugung von Migräne beim Menschen. Ergebnisse von placebokontrollierten und offenen therapeutischen Studien haben gezeigt, dass Clonidin in niedrigen Dosierungen (75 bis 150 mg täglich) bei der Vorbeugung von Migräne-Kopfschmerzen bei etwa 30% -50% der Patienten nützlich ist. In kontrollierten und offenen Studien wurde bei 40% der Patienten eine Verringerung der Kopfschmerzhäufigkeit oder der Kopfschmerzindizes um 50% oder mehr berichtet. Daher kann erwartet werden, dass Clonidin wie andere Arzneimittel, die in der Intervalltherapie von Migräne verwendet werden, nur bei einem Teil der Patienten wirksam ist. Obwohl Clonidin nicht direkt mit anderen Arzneimitteln zur prophylaktischen Behandlung von Migräne verglichen wurde, ist der allgemeine klinische Eindruck, dass es weniger wirksam ist als Pizotifen oder Methysergid. Da es in Dosierungen von 75 bis 150 mg täglich relativ gut vertragen wird, ist es einer Studie wert, insbesondere bei Patienten, die zum ersten Mal eine prophylaktische Migränetherapie benötigen, und wenn Migräne in Verbindung mit Bluthochdruck auftritt. Bei den in der Migräneprophylaxe verwendeten Dosierungen, die fast immer niedriger sind als bei Bluthochdruck, verursacht Clonidin keine Hypotonie und kann bei Patienten mit Herz-Kreislauf-Erkrankungen angewendet werden. Die Hauptnebenwirkungen sind Schläfrigkeit und Mundtrockenheit, die mit fortschreitender Behandlung tendenziell abnehmen.