Es ist unklar, wie lange Kleopatra V lebte und mit welchen Erwähnungen von Kleopatra Tryphaena in der historischen Aufzeichnung sie identifiziert werden sollte, da die zur Unterscheidung der Ptolemäer verwendete Nummerierung eine moderne Erfindung ist. Kleopatra Tryphaena V. verschwand um die Zeit, als Kleopatra VII. geboren wurde (69 v. Chr.): Ihr Name verschwindet von Denkmälern und Papyri, und es gibt einen Papyrus von Ptolemaios XII. aus dem Jahr 69 v. Chr., in dem sie nicht erwähnt wird, von dem jedoch erwartet würde, dass er dies tut, wenn sie noch am Leben wäre.
Es gibt Hinweise darauf, dass Kleopatra 69 v. Chr. gestorben sein könnte — sie könnte bei der Geburt gestorben oder möglicherweise ermordet worden sein. Sollte sie wirklich so früh gestorben sein, dann muss die Kleopatra Tryphaena, die — nach der Vertreibung Ptolemaios XII. — als Mitherrscherin Ägyptens (zusammen mit Berenike IV.) in den Jahren 58 und 57 v. Chr. erwähnt wird und um 57 v. Chr. starb, ihre Tochter sein, die von einigen Historikern als Kleopatra VI. Dies wird auch durch Porphyr unterstützt.
Andererseits gibt es am Tempel von Edfu eine Widmung vom 5. Dezember 57 v. Chr., in der Kleopatra Tryphaenas Name neben dem von Ptolemaios XII. (der zu dieser Zeit jedoch nicht in Ägypten anwesend war) eingeschrieben ist, was eher die Frau des Königs als die Tochter bedeutet hätte und unwahrscheinlich wäre, wenn die Frau von Ptolemaios XII. wirklich bereits zwölf Jahre zuvor gestorben wäre. So betrachten einige, wenn auch nicht alle, moderne Historiker Cleopatra V als identisch mit der angeblichen Cleopatra VI Tryphaena und haben sie bis c. 57 v. Chr. Dies würde mit dem Konto von Strabo comport, der Ptolemaios XII berichtet nur drei Töchter gehabt zu haben; diese können zuverlässig als Berenice IV identifiziert werden, Cleopatra VII, und Arsinoe IV als Töchter des Königs, so dass es keinen Raum für eine Cleopatra VI gelassen werden. Werner Huss nimmt an, dass Streit brach zwischen Cleopatra V und Ptolemaios XII in 69 BC und dass als Folge dieser Streitigkeiten Cleopatra V fiel in Ungnade und wurde zum Rücktritt gezwungen.
Kleopatra V. war wahrscheinlich die Mutter von Kleopatra VII. Michael Grant kommt zu dem Schluss, dass „im Großen und Ganzen“ Kleopatra V. höchstwahrscheinlich die Mutter von Kleopatra VII. war, unter Hinweis darauf, dass Kleopatra VII unehelich gewesen wäre, Ihre „zahlreichen römischen Feinde hätten dies der Welt offenbart.“ Er fährt fort, wir sollten die Hypothese ausschließen, dass Kleopatra VII. von Ptolemaios XII.’s zweiter werdender Frau gezeugt wurde, während Kleopatra V. vor Ort war, und dass, wenn diese unbekannte zweite Frau Kleopatra VIIS Mutter gewesen wäre und später „Königin legitimiert“ gemacht worden wäre, Kleopatra VII. immer noch als Bastard angesehen worden wäre und „ihre römischen Feinde den Hinweis nicht verpasst hätten.“ Michael W. Roller spekuliert, dass Kleopatra die Tochter einer theoretischen, halb mazedonisch-griechischen, halb ägyptischen Frau gewesen sein könnte, die zu einer Familie von Priestern gehörte, die Ptah gewidmet waren, und „nur technisch unehelich“ war (er behauptet jedoch, dass Kleopatras Abstammung sie am meisten schätzte) ihr griechisches ptolemäisches Erbe), aber stellt fest, wenn diese unbekannte Frau nicht Kleopatras Mutter wäre, dann wäre Kleopatra V ihre Mutter. Ein Teil seines Arguments basiert auf Strabos Erwähnung, dass Ptolemaios XII. nur drei Töchter hatte, wobei Berenike die einzige legitime war. Aber wie Grant feststellt, gehört sie von allen Angriffen auf Cleopatra VII. nicht dazu, illegitim zu sein, und wird nur in einer beiläufigen Erklärung von Strabo erwähnt.
Die meisten Gelehrten sind sich einig, dass Berenice IV. eine Tochter von Cleopatra V. war. Eine andere Frau von Ptolemaios XII. war möglicherweise die Mutter der jüngeren Geschwister von Cleopatra VII., dh Arsinoe IV., Ptolemaios XIII. und Ptolemaios XIV. Christopher Bennett glaubt jedoch, dass Cleopatra V. die Mutter aller bekannten Kinder von Ptolemaios XII. war.