Einreichen…
A. durch „Ausschneiden und Einfügen“: (i) eine einzelne Sequenz im FASTA-Format oder nur eine einfache Sequenz oder (ii) mehrere Sequenzen im FASTA-Format.
B. eine Datei im FASTA-Format. Geben Sie den Pfad zur Datei direkt ein oder verwenden siedie Schaltfläche „Durchsuchen“, um Ihre Datei zu finden.
HINWEIS: ChloroP akzeptiert nur Aminosäuresequenzen.
N-Terminus einschließen
Es wird dringend empfohlen, den N-Terminus der eingereichten Sequenz einzuschließen.Je weiter vom N-terminalen Rest entfernt die vorgelegte Sequenz beginnt, desto mehrschwierig und unzuverlässig wird die Vorhersage sein.
Vorzugsweise etwa 100 Reste einreichen
Wenn möglich etwa 100 N-terminale Reste einreichen. Die vorgeschlagene Länge ist darauf zurückzuführen, dass der Prädiktor „cTP“ / „no cTP“ mit Eingabesequenzen der Länge 1000 trainiert wurde. Kürzere Sequenzen können jedoch auch zufriedenstellend vorhergesagt werden (es ist wichtiger, dass der N-terminale Teil intakt ist). Die Vorhersage der Spaltstelle beschränkt sich auf die Suche nach einer potenziellen Spaltstelle innerhalb der 100 N-terminalsten Reste und wird an sich nicht von der Sequenzlänge beeinflusst.
Sequenznamen
Der Name der Sequenzen kann beliebig lang sein, aber nur die ersten 20 Zeichen werden während der gesamten Vorhersage beibehalten und auf der Ergebnisseite der Chlorop-Vorhersage angezeigt.
Detaillierte Ausgabe
Aktivieren Sie dieses Kontrollkästchen, wenn Sie möchten, dass der neuronale Netzwerk-Score auch für jede Residue (und nicht nur für jede Sequenz) angezeigt wird.Eine Ableitung des Netzwerkscores, der zum Auffinden des Bereichs verwendet wird, in dem nach der Spaltstelle gesucht wird (die 40 Reste, die den Rest mit der höchsten abgeleiteten Punktzahl umgeben), wird ebenfalls zusammen mit dem Spaltungssitescore (CS-Score) für jeden Rest dargestellt.