CodonCode Aligner – DNA-Sequenzassemblierung und -ausrichtung unter Windows und Mac OS X

CodonCode Aligner ist ein Programm zur Sequenzassemblierung, zusammenhängenden Bearbeitung und Mutationserkennung, das für Windows und Mac OS X verfügbar ist. Aligner ist mit Phred-Phrap kompatibel und unterstützt Sequenzqualitätsbewertungen vollständig und bietet gleichzeitig eine vertraute, einfach zu erlernende Benutzeroberfläche, wie in den folgenden Screenshots gezeigt:

 Contig Übersicht Ausrichtung mit Baum Differenztabelle Trace-Ansichten und Restriktionskarte

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Mit CodonCode Aligner können Sie:

  • Sequenzen aus Textdateien importieren
  • Import von Sequenzen aus ABI-, SCF- und FASTQ-Dateien
  • Ende clip
  • Vektor trimmen
  • Contigs zusammenbauen
  • An einer Referenzsequenz ausrichten
  • Richten Sie Contigs aneinander aus, während Sie die Links zu den Spuren beibehalten
  • Montieren oder ausrichten in Gruppen, basierend auf Probe namen
  • Heterozygote Mutationen finden
  • Analyse heterozygoter Insertionen und Deletionen
  • Definieren von interessanten Regionen („Features“), z. B. Konsensregionen mit niedriger Qualität
  • Schnelles Navigieren zwischen benutzerdefinierten Features
  • Generieren Sie phylogenetische Bäume und Restriktionskarten
  • Führen Sie Phred und Phrap direkt aus Aligner-Projekten aus
  • Sequenzen und Features exportieren
  • Siehe Differenztabellen und Proteinübersetzungen
  • Design-Grundierungen
  • Zusammenstellen von Bakteriengenomen und kleinen NGS-Sequenzierungsprojekten
  • Enzyme für die RFLP-Analyse finden & virtuelles Gel erstellen
  • Methylierte Sequenzen analysieren & rohe Trace-Daten anzeigen

Mit CodonCode Aligner können Sie alle Vorteile von moderne Algorithmen für den Basisaufruf und die Sequenzassemblierung, ohne dass Sie komplizierte Befehlszeilenoptionen oder Perl-Programmierung erlernen müssen.

Interessiert? Laden Sie die Demoversion von CodonCode Aligner herunter. Die Demo-Version ist ein voll funktionsfähiger Trace-Viewer und Editor. Erstanwender erhalten eine automatische 30-Tage-Testversion, mit der Sie alle Funktionen von CodonCode Aligner ausprobieren können.

Nach dem Herunterladen empfehlen wir Ihnen, sich das Einführungsvideo anzusehen, um sich mit den wichtigsten Funktionen von Aligner vertraut zu machen.Facebook

Wir stellen gelegentlich registrierten Fans von CodonCode Aligner auf Facebook vergünstigte Lizenzen zur Verfügung – bitte überprüfen Sie CodonCode Aligner auf Facebook für Details!

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