Cn3D ist ein Visualisierungstool für biomolekulare Strukturen, Sequenzen und Sequenzausrichtungen. Was Cn3D von anderer Software unterscheidet, ist seine Fähigkeit, Struktur- und Sequenzinformationen zu korrelieren: Ein Wissenschaftler kann beispielsweise schnell die Reste in einer Kristallstruktur finden, die bekannten Krankheitsmutationen entsprechen, oder konservierte Reste des aktiven Zentrums aus einer Familie von Sequenzhomologen. Cn3D zeigt Struktur-Struktur-Ausrichtungen zusammen mit ihren strukturbasierten Sequenzausrichtungen an, um hervorzuheben, welche Regionen einer Gruppe verwandter Proteine in Struktur und Sequenz am besten konserviert sind. Ebenfalls enthalten sind benutzerdefinierte Beschriftungsfunktionen, hochwertige OpenGL-Grafiken und eine Vielzahl von Dateiexporten, die Cn3D zu einem leistungsstarken Werkzeug für die Annotation von Literatur machen. Cn3D wird normalerweise von einem WWW-Browser als Hilfsanwendung für das Entrez-System von NCBI ausgeführt, kann aber auch als eigenständige Anwendung verwendet werden.
Mit Version 4 ist Cn3D nun auch ein kompletter Multiple Alignment Editor und beinhaltet Algorithmen zum Alignieren von Sequenzen an andere Sequenzen und an Strukturen. Sie können jetzt mehrere Ausrichtungen erstellen und sogar mit Anmerkungen versehen. Cn3D wird als primäres Ausrichtungskurations-Tool für das CDD-Projekt verwendet.