Im Jahr 1949 begann Kluckhohn unter fünf benachbarten Gemeinden im Südwesten zu arbeiten: Zuni, Navajo, Mormonen (HLT), spanisch-amerikanische (mexikanisch-amerikanische) und Texas Homesteaders Ein wichtiger methodischer Ansatz, den er zusammen mit seiner Frau Florence Rockwood Kluckhohn und Kollegen Evon Z. Vogt und Ethel M. Albert, unter anderem entwickelt, war die Werte Orientierungstheorie. Sie glaubten, dass interkulturelles Verständnis und Kommunikation durch die Analyse der Orientierung einer bestimmten Kultur an fünf Schlüsselaspekten des menschlichen Lebens erleichtert werden könnten: Menschliche Natur (Menschen, die als intrinsisch gut, böse oder gemischt angesehen werden); Mensch-Natur-Beziehung (die Ansicht, dass Menschen der Natur untergeordnet sein, die Natur dominieren oder in Harmonie mit der Natur leben sollten); Zeit (primärer Wert auf Vergangenheit / Tradition, Gegenwart / Genuss oder Zukunft / Nachwelt / verzögerte Befriedigung); Aktivität (Sein, Werden / innere Entwicklung oder Tun / Streben / Fleiß); und Soziale Beziehungen (hierarchisch, kollateral / kollektiv-egalitär oder individualistisch). Die Wertorientierungsmethode wurde von Florence Kluckhohn und ihren Kollegen und Studenten in späteren Jahren am weitesten entwickelt.
Kluckhohn erhielt im Laufe seiner Karriere viele Auszeichnungen. 1947 war er Präsident der American Anthropological Association und wurde erster Direktor des russischen Forschungszentrums in Harvard. Im selben Jahr gewann sein Buch Mirror for Man den McGraw Hill Award für das beste populäre Schreiben über Wissenschaft.
Kluckhohn glaubte zunächst an die biologische Gleichheit der Rassen, kehrte aber später seine Position um. Kluckhohn schrieb 1959, dass „im Lichte der Anhäufung von Informationen über signifikant unterschiedliche Inzidenz von kartierten Genen unter verschiedenen Völkern, scheint es unklug anzunehmen, flach, dass „die angeborene Fähigkeit des Menschen nicht von einer Bevölkerung zur anderen variieren“…. Unter der Prämisse, dass spezifische Fähigkeiten durch die Eigenschaften jedes Genpools beeinflusst werden, scheint es sehr wahrscheinlich, dass sich Populationen quantitativ in ihren Potenzialen für bestimmte Arten von Leistung unterscheiden.“
Clyde Kluckhohn starb an einem Herzinfarkt in einer Hütte am oberen Pecos River in der Nähe von Santa Fe, New Mexico. Er wurde von seiner Frau Dr. Florence Rockwood Kluckhohn überlebt, die auch Anthropologie an der Harvard-Abteilung für soziale Beziehungen lehrte. Clyde Kluckhohn wurde auch von seinem Sohn Richard Kluckhohn überlebt. Die meisten seiner Papiere werden an der Harvard University aufbewahrt, aber einige frühe Manuskripte werden an der University of Iowa aufbewahrt.