Zu dieser Zeit kämpften zwei römische Generäle um die Führung der Römischen Republik. Sie waren Pompeius und Julius Cäsar. Julius Cäsar besiegte Pompeius in der Schlacht von Pharsalus in Griechenland, 48 v. Chr. Pompeius floh vor Pharsalus nach Ägypten und wurde auf Befehl des Ptolemäus ermordet.
Ptolemäus und seine Anhänger dachten, Caesar würde sich freuen, aber das war ein großer Fehler. Caesar hatte viele Senatoren begnadigt, die gegen ihn kämpften. Sein Grund war, den Boden für den Frieden in Rom zu legen. Der Mord an Pompeius hat Caesars Pläne durchkreuzt. Schlimmer noch, Pompeius war ein römischer Konsul und Witwer von Caesars einziger Tochter Julia. Schlimmer noch, Pompeius wurde vor seiner fünften Frau und seinen Kindern enthauptet, die sich auf dem Schiff befanden, von dem er gerade ausgestiegen war. Dies stellte sicher, dass Pompeius ‚mächtige Familie und Anhänger niemals vergessen würden und immer Feinde Caesars sein würden. Am Ende heiratete sie ihre beiden Brüder.
Dann kam Cäsar nach Alexandria, der Hauptstadt Ägyptens. Wirtschaftlich war Ägypten ein Brotkorb, der die Menschen in Rom ernähren konnte. Kleopatra empfing Caesar auf ihre eigene Weise. Sie legte sich auf einen Teppich. Dann rollten ihre Diener den Teppich mit Kleopatra hinein. Dann wurde der Teppich in den Palast gebracht, in dem Caesar wohnte. Die Wachen sahen einige Leute, die einen Teppich trugen, und sie hielten sie nicht auf. Sie trugen den Teppich zu Caesar. Dann kam Kleopatra vom Teppich. Caesar verliebte sich in sie und sie wurden Liebhaber. Zu dieser Zeit war Kleopatra 21 Jahre alt und Caesar 52 Jahre alt.
Caesar beschloss, Kleopatra wieder zur Königin zu machen. Ptolemäus mochte das nicht. Es gab viele Kämpfe, aber Caesar hat gewonnen. Ptolemaios versuchte zu gehen, aber er fiel in den Nil und ertrank. Ein anderer jüngerer Bruder wurde König, aber Kleopatra war wieder der wahre Führer Ägyptens. Kleopatra heiratete Julius Cäsar nicht, aber sie hatten einen Sohn. Er hieß Caesarion.
Kurz nach Caesarions Geburt wurde Caesar ermordet, als er zum Senat in Rom ging. Kleopatra und ihr Gefolge waren in Rom, als Caesar am 15.März 44 v. Chr. ermordet wurde. Kleopatra floh zurück nach Ägypten.