Der Klimawandel kann Ökosysteme entwirren, in denen verschiedene Organismen unterschiedliche interne Kalender verwenden. Wärmende Temperaturen können zu früheren Blüten der Flora im Frühjahr führen. Zum Beispiel, eine Studie von Menzel et al. analysierte 125.000 phänologische Aufzeichnungen von 542 Pflanzenarten in 21 europäischen Ländern von 1971 bis 2000 und stellte fest, dass 78% aller untersuchten Pflanzen in Blüte, Blattbildung und Fruchtbildung fortgeschritten waren, während nur drei Prozent signifikant verzögert waren. Sie stellten fest, dass der durchschnittliche Fortschritt von Frühling und Sommer in Europa 2,5 Tage pro Jahrzehnt betrug. In der Zwischenzeit kann sich die Fauna je nach Tageslänge vermehren oder migrieren und somit zu spät für kritische Nahrungsvorräte eintreffen, mit denen sie sich gemeinsam entwickelt haben.
Zum Beispiel passt der Parus major das Schlüpfen seiner Küken eng an die Entstehung der eiweißreichen Wintermottenraupe an, die wiederum schlüpft, um das Knospen von Eichen zu treffen. Diese Vögel sind ein Einzelbrutvogel, dh sie brüten einmal im Jahr mit etwa neun Küken pro Brut. Wenn die Vögel und Raupen und Knospen alle zur richtigen Zeit auftauchen, fressen die Raupen die neuen Eichenblätter und ihre Population nimmt dramatisch zu, und dies wird hoffentlich mit der Ankunft der neuen Küken zusammenfallen, so dass sie fressen können. Aber wenn Pflanzen, Insekten und Vögel unterschiedlich auf den Fortschritt des Frühlings oder andere phänologische Veränderungen reagieren, kann die Beziehung verändert werden.
Als weiteres Beispiel haben Studien am Schnabelschnäpper (Ficedula hypoleuca) gezeigt, dass der Zeitpunkt der Frühjahrsmigration durch eine interne, auf die Tageslänge abgestimmte circannual clock ausgelöst wird. Diese besonderen Vögel überwintern in trockenen tropischen Wäldern in Westafrika und brüten in gemäßigten Wäldern in Europa, über 4.500 km entfernt. Von 1980 bis 2000 haben sich die Temperaturen zum Zeitpunkt der Ankunft und zu Beginn der Zucht erheblich erwärmt. Sie haben ihr mittleres Legedatum um zehn Tage vorverlegt, die Ankunft des Frühlings auf ihren Brutplätzen jedoch nicht, da ihr Migrationsverhalten eher durch Photoperiode als durch Temperatur ausgelöst wird.
Kurz gesagt, auch wenn jede einzelne Art leicht mit erhöhten Temperaturen leben kann, können Störungen des phänologischen Timings auf Ökosystemebene sie immer noch gefährden.