Abstract
Mit der Entwicklung der TALEN- und CRISPR/Cas9-Methoden wurden kürzlich große Fortschritte in der Genomeditierung ermöglicht. Die Geschwindigkeit und Leichtigkeit der Implementierung dieser Technologien hat zu einer Explosion von mutierten und transgenen Organismen geführt. Ein geschwindigkeitsbegrenzender Schritt bei der effizienten Anwendung von TALEN- und CRISPR / Cas9-Methoden ist die Auswahl und das Design von Targeting-Konstrukten. Wir haben ein Online-Tool entwickelt, CHOPCHOP (https://chopchop.rc.fas.harvard.edu), um den Designprozess zu beschleunigen. CHOPCHOP akzeptiert eine Vielzahl von Eingaben (Gen-Identifikatoren, genomische Regionen oder eingefügte Sequenzen) und bietet eine Reihe von erweiterten Optionen für die Zielauswahl. Es verwendet effiziente Sequenzausrichtungsalgorithmen, um Suchzeiten zu minimieren, und prognostiziert rigoros die Off-Target-Bindung von Single-Guide-RNAs (sgRNAs) und TALENs. Jede Abfrage erzeugt eine interaktive Visualisierung des Gens mit Kandidaten Zielstellen an ihren genomischen Positionen angezeigt und farbcodiert nach Qualitätsbewertungen. Darüber hinaus werden für jede mögliche Zielstelle Restriktionsstellen und Primerkandidaten visualisiert, was eine optimierte Pipeline der Mutantengenerierung und -validierung ermöglicht. Die Benutzerfreundlichkeit und Geschwindigkeit von CHOPCHOP machen es zu einem wertvollen Werkzeug für das Genom-Engineering.