1768 benannte der französische Entdecker Louis Antoine de Bougainville die Insel nach dem damaligen französischen Außenminister Étienne François, duc de Choiseul.
Die erste dokumentierte Sichtung durch Europäer erfolgte durch die spanische Expedition von Álvaro de Mendaña im April 1568. Genauer gesagt war die Sichtung auf eine lokale Reise mit einem kleinen Boot zurückzuführen, in den Berichten die Brigantine Santiago, befohlen von Maestre de Campo Pedro Ortega Valencia und mit Hernán Gallego als Pilot. Sie kartierten es als San Marcos und nannten den schmalen Kanal, der San Jorge von der Insel Santa Isabel trennt, nach dem Kommandanten der Expedition als Ortega-Kanal.
Im neunzehnten Jahrhundert erlitten Choiseul-Inselbewohner Angriffe von Amseln (die oft brutale Rekrutierung oder Entführung von Arbeitern für die Zuckerplantagen in Queensland und Fidschi).
Im April 1885 erklärte das Deutsche Reich ein Protektorat über die nördlichen Salomonen, einschließlich Choiseul. Im Jahr 1900 übertrug Deutschland im Rahmen des Berliner Vertrags (14. November 1899) die nördlichen Salomonen (mit Ausnahme von Bougainville und den umliegenden Inseln) an das britische Protektorat der Salomonen im Austausch dafür, dass die Briten alle Ansprüche auf Samoa aufgaben. Missionare ließen sich unter beiden Protektoraten in Choiseul nieder und konvertierten den größten Teil der Bevölkerung zum Christentum. Im frühen 20.Jahrhundert begannen mehrere britische und australische Firmen mit dem großflächigen Kokosnussanbau.
Der österreichische Anthropologe und Fotograf Hugo Bernatzik besuchte Choiseul 1932. Bernatzik dokumentierte einige der wenigen verbliebenen Ahnenbräuche der Inselbewohner und beschrieb sie in einer Ethnographie, die er einige Jahre später veröffentlichte. Er machte auch einige Fotos von den Inselbewohnern und brachte eine steinerne Urne mit Schnitzereien zurück, die eine Kultur widerspiegelte, die er im Kontakt mit der modernen Welt für sterbend hielt.
Während des Zweiten Weltkriegs besetzten japanische Truppen Choiseul 1942. Ein Bataillon von US-Marines führte von Oktober bis November 1943 einen Überfall auf die Insel durch, um die Aufmerksamkeit von den Landungen am Kap Torokina abzulenken.
Nach der Unabhängigkeit der Salomonen im Juli 1978 wurde Choiseul als Teil der Provinz Choiseul verwaltet.