Die Hauptverantwortung für Umweltangelegenheiten liegt in der Abteilung Umweltprogramme des Gesundheitsministeriums und im Nationalen Planungsbüro sowie im ökologischen Beratungsbüro des Ministeriums für nationale Wohlfahrt und im Umweltministerium des Außenministeriums.
Chiles Hauptumweltprobleme sind die Entwaldung und die daraus resultierende Bodenerosion sowie die Verschmutzung von Luft, Wasser und Land. Luftverschmutzung durch Industrie und Verkehr sowie Wasserverschmutzung sind in städtischen Zentren besonders akut, wo sich die Bevölkerung in den letzten 30 Jahren verdoppelt hat. Im Jahr 1996 beliefen sich Chiles industrielle Kohlendioxidemissionen auf 48,7 Millionen Tonnen. Unbehandeltes Abwasser stellt die größte Bedrohung für die Wasserqualität des Landes dar. Ab 2001 verfügte Chile über 928 Kubikkilometer erneuerbare Wasserressourcen. Während 99% der Stadtbewohner über reines Trinkwasser verfügen, haben nur 58% der Landbewohner den gleichen Zugang.
Zu den gefährdeten Arten in Chile gehören der Südanden-Huemul, der Tundra-Wanderfalke, der Puna Rhea, der chilenische Waldstern, die Rotkopfgans und die grüne Meeresschildkröte. Ab dem 2001 galten 16 Säugetierarten in insgesamt 91 als gefährdet. Von 296 Brutvogelarten waren 18 vom Aussterben bedroht. Bedroht waren auch vier Arten von Süßwasserfischen und 268 Pflanzenarten.