Charles W. Eliot wurde am 20.März 1834 in Boston als Sohn einer angesehenen Familie in Neuengland geboren und absolvierte 1853 sein Studium an der Harvard University. Dort unterrichtete er Mathematik und Chemie (1854-1863). Er tourte durch Europa (1863-1865), studierte Chemie und fortgeschrittene Unterrichtsmethoden und kehrte zurück, um Professor am Massachusetts Institute of Technology zu werden. Nachdem er 1869 durch mehrere Artikel zur Bildungsreform positive Aufmerksamkeit erregt hatte, wurde er zum Präsidenten von Harvard gewählt.
Eliots 40-jährige Amtszeit erlaubte ihm, langsam, aber konsequent auf Veränderung zu drängen. Die Wirkung seiner Innovationen war revolutionär und veränderte Harvard grundlegend. Er schöpfte Ideen aus seiner europäischen Erfahrung und würdigte später die stimulierende Wirkung der Innovationen, die an der Johns Hopkins University unter Daniel Coit Gilman durchgeführt wurden.
Eliot entwickelte ein organisiertes 3-Jahres-Programm an der juristischen Fakultät, das das Fallsystem des Unterrichts verwendete, das auf dem Studium tatsächlicher Gerichtsentscheidungen und nicht auf abstrakten Prinzipien beruhte. In der medizinischen Fakultät führte er Laborarbeiten und schriftliche Prüfungen in allen Fächern ein und stellte nach und nach klinischen Unterricht in Bostoner Krankenhäusern zur Verfügung. Im Jahr 1872 begann die Universität, Doktortitel zu vergeben, und die Graduate School of Arts and Sciences wurde 1890 offiziell organisiert und von derselben Fakultät unterrichtet, die dem Undergraduate College diente.
Eliots bekannteste Reform war das Wahlsystem. Studenten könnten aus einer Vielzahl von Kursen in jedem Bereich wählen, anstatt einem vorgeschriebenen Lehrplan zu folgen. Durch das Angebot vieler Fortgeschrittenenkurse für Studenten, Eliot konnte im College herausragende Gelehrte einstellen, die ihre Zeit zwischen Bachelor- und Graduiertenschulen aufteilten. Harvard wurde zu einem führenden Zentrum für Graduiertenstudien und -forschung und hatte sich in den 1890er Jahren einen internationalen Ruf für akademische Exzellenz erworben.
Eliot war immer an der Sekundarstufe interessiert und war in der National Education Association (NEA) aktiv und wurde 1903 Präsident. Er beeinflusste stark den 1892-Bericht des NEA „Committee of Ten“, der zur Standardisierung der College-Vorbereitung und -Zulassung führte, und er half bei der Gründung des College Entrance Examination Board im Jahr 1906. 1910 gab er die Harvard Classics heraus, ein „Fünf-Fuß-Regal“ herausragender Bücher, durch das diejenigen, die nicht in der Lage waren, das College zu besuchen, eine liberale Ausbildung erwerben konnten. Er ging 1909 in den Ruhestand und starb im August in Northeast Harbor, Maine. 22, 1926.