Charles Chauncy war der Urenkel von Charles Chauncy, dem zweiten Präsidenten des Harvard College. Der junge Charles wurde in Boston geboren und ausgebildet. Er graduierte 1721 in Harvard und erhielt dort 1724 seinen Master. 1727 zum Prediger der First Church in Boston ordiniert, war er 60 Jahre lang in dieser prestigeträchtigen Position tätig. 1727 heiratete er die erste von drei Frauen, Elizabeth First; 1738 heiratete er Elizabeth Townsend; und 1760 Mary Stoddard. Er war ein ernsthafter, fleißiger Mensch und ein energischer Gelehrter der Religion und der Bibel.
Chauncy wurde der furchtbarste Kritiker des Großen Erwachens. 1741 hielt er einen Vortrag, der dem Denken des Neuengland-Geistlichen Jonathan Edwards bemerkenswert nahe kam, aber ein Jahr später predigte Chauncy gegen die Erweckungen. Seine Seasonable Gedanken über den Zustand der Religion (1743) ist eine sorgfältig gebaute Abhandlung gegen religiöse Begeisterung. Er bezog sich ausführlich auf die Bibel und stellte das Große Erwachen als eine Zeit außer Kontrolle geratenen Emotionalismus, spirituellen Stolzes, Wahnsinns und Unordnung dar. Als George Whitefield, der große englische Evangelist, 1744 nach Neuengland zurückkehrte, war er weder in Harvard noch in Yale willkommen, und Chauncy, ein Mitglied des Harvard Board of Overseers, wählte diesen Moment, um eine Exkoriation von Whitefield und dem Erwachen zu predigen.
Obwohl Chauncy sich selbst als Calvinist betrachtete, interpretierte er den Calvinismus an mehreren wichtigen Punkten neu und entfernte sich von den Ansichten seiner orthodoxeren Zeitgenossen. Er predigte gegen ein anglikanisches Establishment in den Kolonien. Chauncy sah die Vernunft als die Essenz „unseres Charakters als Menschen“ und glaubte, dass sie dazu beitragen würde, eine Person zur Erlösung zu führen. Der Gegensatz zwischen Glauben und Werken als Gegensätze sei überbetont worden.
Chuncys Glaube an die wesentliche Zuverlässigkeit des gesunden Menschenverstandes, selbst an die Unerlösten, beruhte auf seinem Vertrauen in das Wohlwollen der Gottheit. Er hielt den Tod Christi für die Errettung des Menschen für notwendig, nicht um einen rachsüchtigen Gott zu besänftigen, sondern weil dieses katastrophale Ereignis die Sünder zu Gottes Autorität erweckte. Chauncy fühlte, dass Christus nicht starb, um einige Auserwählte zu erlösen, sondern um die ganze Menschheit zu retten, und dass die Erbsünde kein unterstellter Zustand, sondern lediglich eine angeborene Tendenz war. Er bewegte sich allmählich in Richtung Universalismus und das Konzept von Gott als dem einzigen Monarchen des Universums und nicht als dem Drei-Personen-Gott des Calvinismus. Diese Themese sind grundlegend für seine einflussreiche Compleat-Ansicht des Episkopats (1771) sowie für zwei weitere Werke, Das Wohlwollen der Gottheit (1784) und Das Geheimnis, das vor den Zeitaltern verborgen war … oder die Erlösung aller Menschen … (1784), beide anonym in London veröffentlicht, aber anscheinend vor 1768 geschrieben. Chauncy’s Denken deutlich vorweggenommen Entwicklungen des 19.Jahrhunderts in New England Theologie.