Cn3D is een visualisatiehulpmiddel voor biomoleculaire structuren, opeenvolgingen, en opeenvolgingsuitlijningen. Wat Cn3D onderscheidt van andere software is zijn vermogen om structuur en sequentieinformatie te correleren: bijvoorbeeld, kan een wetenschapper snel de residuen in een kristalstructuur vinden die aan bekende ziektemutaties beantwoorden, of behouden actieve plaatsresiduen van een familie van sequentiehomologen. Cn3D vertoningen structuur-structuur alignments samen met hun structuur-gebaseerde opeenvolging alignments, om te benadrukken welke gebieden van een groep verwante proteã nen in structuur en opeenvolging het meest worden behouden. Ook inbegrepen zijn aangepaste etiketteringsfuncties, hoogwaardige OpenGL-graphics en een verscheidenheid aan bestandsexport die samen Cn3D een krachtig hulpmiddel maken voor literatuur-annotatie. Cn3D wordt meestal uitgevoerd vanuit een WWW browser als een helper applicatie voor NCBI ‘ s Entrez systeem, maar het kan ook worden gebruikt als een standalone applicatie.
met versie 4 is Cn3D nu ook een complete editor voor meervoudige uitlijning en bevat het algoritmen voor het uitlijnen van sequenties naar andere sequenties en structuren. U kunt nu meerdere uitlijningen maken en zelfs annoteren. Cn3D wordt gebruikt als de primaire uitlijning curation tool voor het CDD project.