op dat moment vochten twee Romeinse generaals om de leiders van de Romeinse Republiek te worden. Het waren Pompeius en Julius Caesar. Julius Caesar versloeg Pompeius in de Slag bij Pharsalus in Griekenland, 48 v.Chr. Pompeius vluchtte van Pharsalus naar Egypte en werd op bevel van Ptolemaeus vermoord.Ptolemaeus en zijn aanhangers dachten dat Caesar tevreden zou zijn, maar dat was een grote fout. Caesar had veel senatoren die tegen hem vochten gratie verleend. Zijn reden was om de basis te leggen voor vrede in Rome. De moord op Pompejus stond dwars door Caesars plannen. Erger nog, Pompeius was een Romeins consul en weduwnaar van Caesars enige dochter, Julia. Erger nog, Pompeius werd onthoofd voor de ogen van zijn vijfde vrouw en kinderen, die op het schip waren van waaruit hij net was ontscheept. Dit zorgde ervoor dat Pompeius ‘ machtige familie en aanhangers nooit zouden vergeten en altijd vijanden van Caesar zouden zijn. Ze trouwde uiteindelijk met hun beide broers.Daarna kwam Caesar naar Alexandrië, de hoofdstad van Egypte. Economisch gezien was Egypte een broodmand die het volk van Rome kon voeden. Cleopatra ontving Caesar op haar eigen unieke manier. Ze lag op een tapijt. Toen rolden haar bedienden het tapijt op met Cleopatra erin. Toen werd het tapijt naar het paleis gebracht waar Caesar verbleef. De bewakers zagen een aantal mensen een tapijt dragen en ze hielden ze niet tegen. Ze droegen het tapijt naar Caesar. Toen kwam Cleopatra uit het tapijt. Caesar werd verliefd op haar en ze werden geliefden. Cleopatra was toen 21 jaar oud en Caesar was 52 jaar oud.Caesar besloot Cleopatra opnieuw koningin te maken. Ptolemaeus vond dat niet leuk. Er werd veel gevochten, maar Caesar won. Ptolemaeus probeerde te vertrekken, maar hij viel in de rivier de Nijl en verdronk. Een andere jongere broer werd koning, maar Cleopatra was opnieuw de echte leider van Egypte. Cleopatra trouwde niet met Julius Caesar, maar ze hadden wel een zoon. Hij heette Caesarion.Kort na de geboorte van Caesarion werd Caesar vermoord toen hij naar de Senaat in Rome liep. Cleopatra en haar gevolg waren in Rome toen Caesar werd vermoord op 15 maart 44 v.Chr. Cleopatra vluchtte terug naar Egypte.