het is onduidelijk hoe lang Cleopatra V leefde, en met welke vermeldingen van Cleopatra Tryphaena in de historische gegevens moet worden geïdentificeerd, aangezien de nummering die wordt gebruikt om de Ptolemeën te onderscheiden een moderne uitvinding is. Cleopatra Tryphaena V verdween rond de tijd dat Cleopatra VII werd geboren (69 v.Chr.): haar naam begint te verdwijnen uit monumenten en papyri, en er is een papyrus van Ptolemaeus XII uit 69 v. Chr. die haar niet noemt, maar verwacht zou worden dat te doen als ze nog in leven was geweest.Er zijn aanwijzingen dat Cleopatra in 69 v.Chr. is overleden — ze kan in het kraambed zijn gestorven of mogelijk zijn vermoord. Als ze echt zo vroeg gestorven was, dan moet de Cleopatra Tryphaena die — na de verdrijving van Ptolemaeus XII — genoemd wordt als medeheerser van Egypte (samen met Berenice IV) in 58 en 57 v.Chr., en stierf rond 57 v. Chr., haar dochter zijn, door sommige historici genummerd als Cleopatra VI Tryphaena. Dit wordt ook ondersteund door Porfier.Aan de andere kant is er een inwijding op de Tempel van Edfu van 5 December 57 v.Chr. die Cleopatra Tryphaena ’s naam inschrijft naast Ptolemaeus XII (die toen echter niet in Egypte aanwezig was), wat eerder de vrouw van de koning dan de dochter zou betekenen en het onwaarschijnlijk zou zijn dat Ptolemaeus XII’ s vrouw al twaalf jaar eerder zou zijn gestorven. Sommige, hoewel niet alle, moderne historici beschouwen Cleopatra V als identiek aan de vermeende Cleopatra VI Tryphaena, en hebben haar leven tot ca.57 v. Chr. Dit zou overeenkomen met het verslag van Strabo, die meldt dat Ptolemaeus XII slechts drie dochters had; deze kunnen betrouwbaar worden geïdentificeerd als Berenice IV, Cleopatra VII en Arsinoë IV als de dochters van de koning, zodat er geen ruimte zou worden gelaten voor een Cleopatra VI. Werner Huss gaat ervan uit dat er ruzies uitbraken tussen Cleopatra V en Ptolemaeus XII in 69 v.Chr. en dat Cleopatra V als gevolg van deze geschillen in ongenade viel en gedwongen werd af te treden.Cleopatra V was waarschijnlijk de moeder van Cleopatra VII. Michael Grant komt tot de conclusie dat “over het geheel genomen” Cleopatra V waarschijnlijk de moeder van Cleopatra VII was, en merkt op dat als Cleopatra VII onwettig was geweest, haar “talrijke Romeinse vijanden dit aan de wereld zouden hebben geopenbaard.”Hij vervolgt dat we de hypothese moeten uitsluiten dat Cleopatra VII werd bedacht door Ptolemaeus XII’ s tweede aanstaande vrouw, terwijl Cleopatra V op het toneel was, en dat als deze Onbekende tweede vrouw Cleopatra VII ‘ s moeder zou zijn geweest en later “koningin gelegitimeerd” zou zijn, Cleopatra VII nog steeds als een bastaard zou zijn beschouwd en “haar Romeinse vijanden de hint niet zouden hebben gemist.”Duane W. Roller speculeert dat Cleopatra de dochter zou kunnen zijn geweest van een theoretische half-Macedonisch-Griekse, half-Egyptische vrouw die behoort tot een familie van priesters gewijd aan Ptah en was “alleen technisch onwettig” (echter, hij beweert dat wat Cleopatra ’s afkomst ook was, zij haar Griekse Ptolemeïsche erfgoed het meest waardeerde), maar merkt op dat als deze onbekende vrouw niet Cleopatra’ s moeder was, Cleopatra V haar moeder zou zijn. Een deel van zijn argument is gebaseerd op Strabo ’s vermelding van Ptolemaeus XII’ s hebben slechts drie dochters, Berenice is de enige legitieme een. Maar Grant merkt op dat van alle aanvallen op Cleopatra VII, dat haar buitenechtelijkheid er niet bij hoort, en dat het alleen wordt vermeld in een toevallige verklaring van Strabo.De meeste geleerden zijn het erover eens dat Berenice IV een dochter was van Cleopatra V. Een andere vrouw van Ptolemaeus XII kan de moeder zijn geweest van de jongere broers en zussen van Cleopatra VII, dat wil zeggen Arsinoe IV, Ptolemaeus XIII en Ptolemaeus XIV. Christopher Bennett denkt echter dat Cleopatra V de moeder was van alle bekende kinderen van Ptolemaeus XII.