het CIITA gen geeft instructies voor het maken van een eiwit dat voornamelijk helpt bij het beheersen van de activiteit (transcriptie) van genen genaamd major histocompatibility complex (MHC) klasse II genen. De transcriptie is de eerste stap in de productie van proteã NEN, EN CIITA is kritiek voor de productie van gespecialiseerde immune proteã nen genoemd MHC klasse II proteã nen van deze genen. De ciita proteã ne coördineert diverse proteã nen om MHC klasse II gentranscriptie aan te zetten en de productie van MHC klasse II proteã nen toe te staan.
MHC – klasse II-eiwitten worden aangetroffen op het oppervlak van verschillende typen immuuncellen, waaronder witte bloedcellen (lymfocyten) die betrokken zijn bij immuunreacties. Deze proteã nen spelen een belangrijke rol in de immune reactie van het lichaam op buitenlandse indringers, zoals bacteriën, virussen, en schimmels. Om het lichaam te helpen infecties te herkennen en te bestrijden, binden MHC klasse II-eiwitten aan fragmenten van eiwitten (peptiden) van buitenlandse indringers zodat andere gespecialiseerde immuunsysteemcellen met hen kunnen interageren. Wanneer deze cellen van het immuunsysteem de peptides als schadelijk erkennen, leiden zij de lymfocyten en andere immune cellen tot lancering immune reacties om zich van de buitenlandse indringers te ontdoen.
het CIITA-eiwit lijkt ook een rol te spelen bij het verbeteren van de transcriptie van MHC-klasse I-genen, die instructies geven voor het maken van immuunsysteemeiwitten, MHC-klasse I-eiwitten genaamd. Net als MHC klasse II eiwitten, MHC klasse I eiwitten hechten aan peptiden van buitenlandse indringers en presenteren ze aan specifieke immuunsysteemcellen. Deze cellen vallen dan de buitenlandse indringers aan om ze te ontdoen van het lichaam. Hoewel het CIITA-eiwit MHC klasse I-genactiviteit kan helpen bevorderen, is het niet de primaire regulator van deze genen. Andere proteã nen spelen een prominentere rol in hun transcriptie.