Abstract
belangrijke ontwikkelingen in het bewerken van het genoom zijn onlangs mogelijk gemaakt met de ontwikkeling van de TALEN en CRISPR/Cas9 methoden. De snelheid en het gemak van de toepassing van deze technologieën heeft geleid tot een explosie van mutante en transgene organismen. Een snelheidsbeperkende stap in het efficiënt toepassen van TALEN en CRISPR/Cas9 methoden is de selectie en het ontwerp van targeting constructies. We hebben een online tool ontwikkeld, CHOPCHOP (https://chopchop.rc.fas.harvard.edu), om het ontwerpproces te versnellen. CHOPCHOP keurt een brede waaier van input (genidentificators, genomic gebieden of geplakte opeenvolgingen) goed en verstrekt een reeks geavanceerde opties voor doelselectie. Het gebruikt efficiënte algoritmen van de opeenvolgingsuitlijning om onderzoekstijden te minimaliseren, en voorspelt rigoureus off-target band van enig-gids RNAs (sgRNAs) en TALENs. Elke vraag produceert een interactieve visualisatie van het gen met de plaatsen van het kandidaatdoel die bij hun genomic posities en kleur-gecodeerd volgens kwaliteitsscores worden getoond. Bovendien worden voor elke mogelijke doellocatie restrictieplaatsen en primerkandidaten gevisualiseerd, waardoor een gestroomlijnde pijplijn van mutantgeneratie en validatie mogelijk wordt. Het gebruiksgemak en de snelheid van CHOPCHOP maken het tot een waardevol hulpmiddel voor genoomtechniek.