in 1768 benoemde de Franse ontdekkingsreiziger Louis Antoine de Bougainville het eiland naar de toenmalige Franse minister van Buitenlandse Zaken, Étienne François, duc de Choiseul.De eerste waarneming door Europeanen was door de Spaanse expeditie van Álvaro de Mendaña in April 1568. Meer bepaald was de waarneming te wijten aan een lokale reis gedaan door een kleine boot, in de rekeningen van de brigantine Santiago, onder leiding van Maestre de Campo Pedro Ortega Valencia en het hebben van Hernán Gallego als piloot. Ze brachten het in kaart als San Marcos en noemden het smalle kanaal dat San Jorge van het eiland Santa Isabel scheidde als het Ortega kanaal naar de commandant van de expeditie.
in de negentiende eeuw werden Choiseul-eilandbewoners aangevallen door merels (de vaak wrede rekrutering of ontvoering van arbeiders voor de suikerplantages in Queensland en Fiji).In april 1885 riep het Duitse Rijk een protectoraat uit over de noordelijke Salomonseilanden, waaronder Choiseul. In 1900, onder de voorwaarden van het Verdrag van Berlijn (14 November 1899), Duitsland overgedragen de Noord-Salomonseilanden (met uitzondering van Bougainville en de omliggende eilanden) aan de Britse Solomon eilanden protectoraat in ruil voor de Britten opgeven van alle aanspraken op Samoa. Missionarissen vestigden zich op Choiseul onder beide protectoraten en bekeerden het grootste deel van de bevolking tot het christendom. In het begin van de 20e eeuw begonnen verschillende Britse en Australische bedrijven met het op grote schaal planten van kokosnoot.De Oostenrijkse antropoloog en fotograaf Hugo Bernatzik bezocht Choiseul in 1932. Bernatzik documenteerde enkele van de weinige overgebleven voorouderlijke gebruiken van de eilandbewoners en beschreef ze in een etnografie die hij een paar jaar later publiceerde. Hij nam ook enkele foto ‘ s van de eilandbewoners en bracht een stenen urn met houtsnijwerk mee terug, die een cultuur weerspiegelde die volgens hem stervende was in contact met de moderne wereld.Tijdens de Tweede Wereldoorlog bezetten Japanse troepen Choiseul in 1942. Een bataljon van Amerikaanse mariniers voerde een inval uit op het eiland in oktober – November 1943, om de aandacht af te leiden van de landingen bij Kaap Torokina.Na de onafhankelijkheid van de Salomonseilanden In juli 1978 werd Choiseul bestuurd als onderdeel van de provincie Choiseul.