Mahoney tillhörde den irländska provinsen av Order of Friars Minor och tillbringade några av 1676 på St Isidore ’ s College i Rom, huvudkontoret för provinsen i exil. Försöker återvända till Irland från kontinenten där han hade ordinerats en katolsk präst, han skeppsbrott och landade i Wales. Han arresterades 1678 och fängslades i Denbigh. Han åtalades året därpå i Ruthin i norra Wales där han dömdes och hängdes.
dokumentärbeviset är skarpt. British Museum har en kopia av ett enda ark med titeln De sista talerna från tre präster som avrättades för Religion, Anno Domini 1679, från vilket följande transkript görs:-
en redogörelse för de ord som talades av Charles Mahoney, en irländsk präst av St Francis heliga ordning, som avrättades i sin vana vid Ruthin i norra Wales den 12 augusti 1679. Nu är Gud den Allsmäktige glad att jag skulle lida martyrskap, hans heliga namn prisas, eftersom jag färgar för min Religion. Men du har ingen rätt att döda mig i detta land, även om jag erkände mig vara präst, för du grep mig när jag var på väg till mitt hemland Irland, drivs till sjöss på denna kust, för jag använde aldrig min funktion i England innan jag togs, men Gud förlåter dig, som jag gör och ska alltid be för dig, särskilt för dem som var så bra för mig i min nöd, jag ber Gud välsigna vår kung, och försvara honom från hans fiender, och konvertera honom till den heliga Catholick tro, Amen. Hans ålder var under fyrtio, han prövades och dömdes i Denby och erkände sig vara präst.