Războiul Cherokee din 1839 a fost punctul culminant al fricțiunii dintre indienii Cherokee, Kickapoo și Shawnee și coloniștii albi din nord-estul Texasului. Indienilor, care obținuseră drepturile intrușilor asupra terenului de la autoritățile spaniole, li s-a promis titlul terenului prin consultare; și la 23 februarie 1836, un tratat făcut de Sam Houston și John Forbes, care a reprezentat guvernul provizoriu, a dat titlu terenurilor dintre râurile Angelina și Sabine și la nord-vest de vechiul Drum San Antonio către Cherokei și trupele lor asociate. Tratatul a fost depus de Senatul Texasului la 29 decembrie 1836 și a fost declarat nul și neavenit de acel organism la 16 decembrie 1837, în ciuda insistenței lui Houston de a fi ratificat. Rebeliunea C-A-Rdova din August 1838 a provocat Thomas Jefferson Rusk să mărșăluiască pe Cherokei într-un efort de a intercepta Vicente C-A-Rdova; dar c Oktkrdova nu a căutat adăpost printre Cherokei, iar Rusk s-a întors în așezări. La 16 octombrie 1838, Rusk, cu 230 de soldați, a urmărit o bandă de Kickapoos, le-a distrus satul și a ucis unsprezece războinici, inclusiv un renegat Cherokee. Au existat raiduri sporadice ale indienilor în toamna anului 1838 și primăvara anului 1839.
după descoperirea, în mai 1839, a unei scrisori în posesia lui Manuel Flores expunând planurile guvernului Mexican de a înrola indienii împotriva coloniștilor din Texas, Președintele Mirabeau B. Lamar, susținut de opinia populară, a hotărât să expulzeze indienii din estul Texasului. În iulie 1839, Kelsey H. Douglass a fost pus la comanda a aproximativ 500 de soldați sub Edward Burleson, Willis H. Landrum, și Rusk, și i s-a ordonat să-i îndepărteze pe indieni pe teritoriul Arkansas. Armata a tăbărât pe Council Creek, la șase mile sud de satul principal Cherokee din Chief Bowl și a trimis o comisie pe 12 iulie pentru a negocia îndepărtarea indienilor. Indienii au fost de acord să semneze un tratat de îndepărtare care să le garanteze profitul din culturile lor și costul îndepărtării. În următoarele două zile au insistat că sunt dispuși să plece, dar au refuzat să semneze tratatul din cauza unei clauze care le-ar oferi o escortă armată în afara Republicii. La 15 iulie, comisarii le-au spus indienilor că texanii vor mărșălui imediat asupra satului lor și că cei care doresc să accepte tratatul ar trebui să afișeze un steag alb. Landrum a fost trimis peste Neches pentru a întrerupe posibilele întăriri, iar restul armatei a mărșăluit asupra satului. Bătălia de la Neches a avut loc la câțiva kilometri vest de Tyler, în ceea ce este acum Județul Henderson. Până la apusul soarelui, trei texani fuseseră uciși și cinci răniți; indienii pierduseră optsprezece. Indienii au fugit, iar Douglass a făcut tabără. Urmărirea a început în dimineața zilei de 16 iulie. O petrecere de cercetare sub James Carter i-a angajat pe Cherokei lângă izvoarele râului Neches într-un loc aflat acum în județul Van Zandt. Indienii au căutat adăpost într-o colibă și câmpurile de porumb din jur, dar au fost forțați să-i abandoneze după ce Carter a fost întărit de sosirea lui Rusk și Burleson. După treizeci de minute de luptă, indienii au fost forțați să ajungă la fundul Neches, unde Chief Bowl a fost ucis și un număr de războinici s-au pierdut. După ultimele lupte de lângă Grand Saline, s-a estimat că peste 100 de indieni au fost uciși sau răniți în angajamente.
pe 21 iulie, texanii au mărșăluit spre izvoarele râului Sabine de-a lungul traseului urmat de indienii care fugeau. Numeroase colibe și câmpuri au fost distruse în acea după-amiază, iar mai multe sate și peste 200 de acri de porumb au fost arse în dimineața zilei de 22 iulie. Distrugerea a continuat în timpul urmăririi indienilor, care nu a fost abandonată până pe 24 iulie. Majoritatea indienilor au fugit în ținuturile Cherokee din afara Republicii. În timpul iernii, un grup mic sub șeful Egg și John Bowles, fiul șefului Bowl, a încercat să ajungă în Mexic, ocolind marginea așezărilor albe. Burleson, într-o campanie împotriva indienilor de câmpie, i-a interceptat pe Cherokei și i-a atacat lângă gura râului San Saba la 25 decembrie 1839. Egg și Bowles și mai mulți războinici au fost uciși, iar douăzeci și șapte de femei și copii au fost capturați. Aceasta a fost ultima acțiune importantă împotriva Cherokeilor din Texas.