Mahoney a aparținut provinciei irlandeze a Ordinului Fraților Minori și a petrecut o parte din 1676 la Colegiul St Isidore din Roma, sediul provinciei în exil. Încercând să se întoarcă în Irlanda de pe continentul unde fusese hirotonit preot catolic, a naufragiat și a aterizat în țara Galilor. A fost arestat în 1678 și închis la Denbigh. A fost judecat anul următor la Ruthin în nordul țării Galilor, unde a fost condamnat și spânzurat.
dovezile documentare sunt insuficiente. Muzeul Britanic are o copie a unei singure foi intitulată Ultimele Discursuri ale trei preoți care au fost executați pentru religie, Anno Domini 1679, din care se face următoarea transcriere:-
o relatare a cuvintelor rostite de domnul Charles Mahoney, un preot irlandez al sfântului ordin al Sfântului Francisc, care a fost executat în obiceiul său la Ruthin în nordul țării Galilor, 12 August 1679. Acum Dumnezeu Atotputernic este mulțumit că ar trebui să sufăr martiriul, numele Său Sfânt să fie lăudat, deoarece vopsesc pentru religia mea. Dar nu ai dreptul să mă omori în această țară, deși m-am mărturisit preot, pentru că m-ai prins în timp ce mă duceam în țara mea natală Irlanda, fiind condus pe mare pe această coastă, pentru că nu mi-am folosit niciodată funcția în Anglia înainte de a fi luat, totuși Dumnezeu să te ierte, așa cum fac și se va ruga mereu pentru tine, mai ales pentru cei care au fost atât de buni cu mine în suferința mea, mă rog Dumnezeu să-l binecuvânteze pe regele nostru și să-l apere de dușmanii săi și să-l convertească la Sfânta credință catolică, amin. Vârsta lui era sub patruzeci de ani, a fost încercat și condamnat la Denby mărturisindu-se că este preot.