Cn3D é uma ferramenta de visualização para estruturas Biomoleculares, sequências e alinhamentos de sequências. O que distingue a Cn3D de outros softwares é a sua capacidade de correlacionar a informação de estrutura e sequência: por exemplo, um cientista pode encontrar rapidamente os resíduos em uma estrutura cristalina que correspondem a mutações de doenças conhecidas, ou resíduos de locais ativos conservados de uma família de homólogos de sequência. O Cn3D exibe alinhamentos estrutura-estrutura juntamente com seus alinhamentos de sequência baseados em estrutura, para enfatizar quais regiões de um grupo de proteínas relacionadas são mais conservadas em estrutura e sequência. Também estão incluídos recursos de rotulagem personalizados, gráficos OpenGL de alta qualidade, e uma variedade de exportações de arquivos que juntos fazem Cn3D uma ferramenta poderosa para a anotação de literatura. Cn3D é normalmente executado a partir de um navegador WWW como uma aplicação auxiliar para o sistema de Entrez do NCBI, mas também pode ser usado como uma aplicação autônoma.
com a versão 4, o Cn3D é agora um editor completo de alinhamento múltiplo também, e inclui algoritmos para alinhar sequências a outras sequências e estruturas. Agora você pode criar e até mesmo anotar vários alinhamentos. O Cn3D é usado como a ferramenta primária de Curação de alinhamento para o projeto CDD.