Ellis trabalhou no Bell Labs de 1969 a 1972 na teoria da probabilidade aplicada à teoria da computação. Em 1972 tornou-se professor assistente e membro fundador do Departamento de ciência da Computação da Universidade de Colorado Boulder para trabalhar em pesquisa de sistemas operacionais.Ellis aceitou uma posição três anos depois como professor assistente na EECS do MIT para trabalhar em pesquisas relacionadas com ARPANET. Ele deixou o MIT depois de um ano para começar a trabalhar na Xerox PARC e na Universidade de Stanford. Ellis permaneceu na Xerox PARC e na Universidade de Stanford por quase uma década. Durante seu tempo lá, ele trabalhou na GUI baseada em ícones, linguagens de programação orientadas a objetos e sistemas de groupware. Ele fez parte da equipe de sociólogos, psicólogos e cientistas da computação que trabalharam em Alto, o primeiro computador pessoal do mundo (PC) e suas interfaces e software relacionados. Muitas dessas inovações da década de 1970 que Ellis fazia parte foram posteriormente amplamente comercializadas, por exemplo no computador Lisa da Apple e no software MS-DOS da Microsoft. Na PARC, Ellis liderou o Office Research Group, que desenvolveu o primeiro sistema de escritório a usar ícones e Ethernet para colaborar à distância.”
In the mid-1980s, Ellis led the Groupware Research Group at the Microelectronics and Computer Technology Corporation (MCC). Enquanto estava na MCC, ele liderou esforços em edição colaborativa em tempo Real, e foi pioneiro no campo da transformação Operacional. No início da década de 1990, Ellis deixou a MCC para se tornar o principal arquiteto do fluxo de trabalho da Bull S. A. na França.Em 1992, Ellis retornou à Universidade de Colorado Boulder como professor titular no departamento de ciência da computação. Lá ele continuou seu trabalho em groupware, em particular na próxima geração, sistemas de fluxo de trabalho em larga escala e sistemas de suporte de reunião mediados por agentes. Em 2009, tornou-se professor emérito na universidade, onde insistiu em ensinar periodicamente um curso introdutório de computação para “encorajar estudantes de todas as etnias a expandir seus horizontes”.”Para proporcionar mais oportunidades para os estudantes seguirem a Ciência e engenharia, Ellis” ajudou a estabelecer o programa de 10 semanas de Verão Multicultural de acesso à pesquisa (SMART) na Universidade. Em 2013, Ellis ganhou uma bolsa Fulbright para ensinar e realizar pesquisas no departamento de ciência da Computação da Universidade Ashesi. Em Ashesi, seus interesses de pesquisa foram o desenvolvimento de sistemas de computador para simular formas alternativas de governo para os países em desenvolvimento.